隠し要素/α
- 本作ではシリーズで初めて熟練度が採用された。その関係で熟練度の数値が入手条件になっているものも多い。
- 本作には全7箇所もの選択ルート分岐があり、隠し要素の入手条件と非常に密接に関連している。
隠し要素
隠し要素一般
G-3ガンダム
(1)-1 スーパー系シナリオ「ジオン再臨」のデモ前半で、「申し出を受け入れる」を選択。
(1)-2 リアル系シナリオ「黒いガンダム」のデモ後半で、「ブリーフィングルームへ行く」を選択。
(2)-1 スーパー系シナリオ「風を呼ぶ者」終了後のルート選択で「ジャブローへ向かう」を選択。
(2)-2 リアル系シナリオ「未知なる災い」終了後のルート選択で「ジャブローへ向かう」を選択。
(3)シナリオ「アムロ再び」開始時点で、熟練度が6以上。
以上を満たすと、シナリオ「アムロ再び」にて、増援として登場するアムロが乗ってくる。（条件が満たされない場合はガンダムになる。）
リ・ガズィ（2機目）
主人公はリアル系でなければならない。
シナリオ「ゼータの鼓動」クリア時点で熟練度が7未満だと、シナリオ終了後に入手。
ガンダム試作2号機
(1)-1 スーパー系シナリオ「風を呼ぶ者」終了後のルート選択で「南アタリア島へ向かう」を選択。
(1)-2 リアル系シナリオ「未知なる災い」終了後のルート選択で「南アタリア島へ向かう」を選択。
(2)シナリオ「ガンダム強奪」で、ガンダム試作2号機のHPを50％以下にする。
(3)シナリオ「野望の男」で、ガンダム試作2号機を撃墜する。
(4)シナリオ「決戦、第2新東京市」終了後のルート選択で、「リガ・ミリティアと接触し、宇宙へ行く」を選択。
(5)シナリオ「ソロモンの悪夢」で、ガンダム試作2号機を撃墜する。
(6)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ラー・カイラム隊」を選択。
(7)シナリオ「ソロモン攻略戦」のデモ前半で、選択肢「マクロス強行突破作戦」を選択。
(8)シナリオ「ソロモン攻略戦」で、マクロスをソロモンに到達させてクリアする。
以上を満たすと、クリア後に入手。
ΖII
主人公はリアル系でなければならない。
(1)シナリオ「ゼータの鼓動」のデモ前半で「ファを出撃させない」を選択。
(2)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で、「リーンホースJr.隊」を選択。
(3)シナリオ「アクシズからの使者」にて、熟練度30以上。
以上を満たすと、シナリオ「アクシズからの使者」で、カミーユが乗って出撃する。
フォウ・ムラサメ
(1)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ラー・カイラム隊」を選択。
(2)シナリオ「ダカールの日」で、フォウを撃墜する。（カミーユで説得可能だが、別に説得しなくても可）
以上を満たすと、クリア後に仲間になる。
キュベレイMk-II＆プルツー
(1)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で、「リーンホースJr.隊」を選択。
(2)シナリオ「プルとアクシズと」で、ジュドーがプルを説得する。
(3)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ラー・カイラム隊」を選択。
(4)シナリオ「バイブレーション」で、プルがプルツーを説得する。
(5)シナリオ「バイブレーション」で、ジュドーがプルツーを説得する。
(5)シナリオ「ジオンの幻像」で、ジュドーがプルツーを説得し、撃墜する。（撃墜するのはジュドーでなくても可）
以上を満たすと、クリア後に仲間になる。
ドーベン・ウルフ or シャア専用ザクII
(1)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で、「リーンホースJr.隊」を選択。
(2)シナリオ「プルとアクシズと」開始時点で、熟練度40未満でドーベン・ウルフ、40以上でシャア専用ザクIIにジュドーが乗ってくる。
フルアーマーΖΖガンダム
(1)シナリオ「天使の輪の上で」終了後のルート選択で、「アクシズへ向かう」を選択。
(2)シナリオ「戦士、再び･･･」開始前の時点で、熟練度が42以上。
以上を満たすと、入手する。改造はΖΖから引き継がれる。
サザビー
シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で、「リーンホースJr.隊」を選択すれば、シナリオ「リィナの血」にてクワトロが乗ってくる。
ヤクト・ドーガ＆クェス
(1)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ラー・カイラム隊」を選択。
(2)シナリオ「バイブレーション」で、クワトロがクェスを説得する。
以上を満たすと、そのまま仲間になる。
νガンダムHWS装備型
(1)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で、「リーンホースJr.隊」を選択。
(2)シナリオ「アクシズからの使者」で、選択肢「約束を覚えている」を選択。
(3)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ラー・カイラム隊」を選択。
(4)シナリオ「ソロモン攻略戦」終了時点で、熟練度が45以上。
以上を満たすと、クリア後に入手。
ビギナ・ギナ
(1)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で、「グラン・ガラン隊」を選択。
(2)シナリオ「宇宙に咲く妖花」で、シーブックがセシリーを説得する。
以上を満たすと、そのまま仲間になる。
ちなみに「グラン・ガラン隊」以外を選択するとセシリーのみ仲間になる。条件の関係上、ガンダムF90Vとは2択になる。
ガンダムF90V
(1)シナリオ「決戦、第2新東京市」終了後のルート選択で、「リガ・ミリティアと接触し、宇宙へ行く」を選択。
(2)シナリオ「クロスボーン・バンガード」で、シーブックとドレルが戦闘する。
(3)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で、「グラン・ガラン隊」を選択。
(4)シナリオ「宇宙に咲く妖花」デモ前半で、「シーブック達を先行させない」を選択。
(4)シナリオ「宇宙に咲く妖花」で、シーブックがセシリーを説得しないでクリアする。
(5)シナリオ「宇宙に咲く妖花」クリア時点で、熟練度が30以上。
以上を満たすと、クリア後に入手。条件の関係上、ビギナ・ギナとは2択になる。
ザク改＆バーニィ
(1)-1 シナリオ「赤いエヴァンゲリオン」で、クリスとバーニィが戦闘する。
(1)-2 シナリオ「海からのマレビト」で、クリスとバーニィが戦闘する。
(2)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で、「リーンホースJr.隊」を選択。
(3)シナリオ「リィナの血」で、クリスがバーニィを説得する。
(4)シナリオ「天使の輪の上で」終了後のルート選択で、「アクシズへ向かう」を選択。
以上を満たすと、シナリオ「戦士、再び･･･」終了後に、仲間になる。
トールギスIII＆ミリアルド・ピースクラフト
(1)-1 シナリオ「少女が見た流星」で、「ゼクスを肯定する」を選択。
(1)-2 シナリオ「翼を持ったガンダム」で、「ゼクスを肯定する」を選択。
(2)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「グラン・ガラン隊」を選択。
(3)シナリオ「ガラスの王国」で、ミリアルドとヒイロが戦闘する。
(4)シナリオ「天使の輪の上で」終了後のルート選択で、「エンジェル・ハイロゥを追う」を選択。
(5)シナリオ「勝者と敗者に祝福を」で、ヒイロでミリアルドを撃墜する。
以上を満たすと、シナリオ「ギア・オブ・デスティニー」にて、味方増援として登場する。
R-GUNパワード＆レビ or ヴィレッタ
下記条件を満たした場合、シナリオ「運命の矢」開始前に加入。
両方を満たした場合、レビverが優先される。また、いずれの場合もSRXが4体合体になり、武装が追加される。
- ヴィレッタver
(1)シナリオ「隠された殺意」または「イングラムの真意」において、リュウセイとイングラムが戦闘する。
(2)(1)の後、イングラムを撤退させずに撃墜する（5EPで強制クリアのため、それまでに倒す）
(3)シナリオ「運命の矢」開始時点で熟練度40以上
- レビver
(1)ヴィレッタver(1)と同じ。
(2)ヴィレッタver(2)と同じ。
(3)シナリオ「隠された殺意」または「イングラムの真意」において、リュウセイとレビが戦闘する。
(4)シナリオ「帝国の女王」または「木星からの逃亡者」において、リュウセイとレビが2回戦闘し、両者が生き残る。
(5)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ラー・カイラム隊」を選択。
(6)シナリオ「女達の戦場」でリュウセイとレビが戦闘する。
(7)シナリオ「天使の輪の上で」終了後のルート選択で、「アクシズへ向かう」を選択。
(8)シナリオ「クロス・ターゲット」で、リュウセイがレビを説得する。
(9)シナリオ「運命の矢」開始時点で熟練度55以上
バストール＆ガラリア
(1)-1 シナリオ「決戦、第2新東京市」終了後のルート選択で「EVA弐号機輸送艦隊と合流する」を選択。
(2)-1 シナリオ「東京上空」で、ショウがガラリアを説得する。
または
(1)-2 シナリオ「決戦、第2新東京市」終了後のルート選択で「極東地区に残る」を選択。
(2)-2 シナリオ「シャーキン悪魔の戦い」で、ショウがガラリアを説得する。
(3)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で「ゴラオン隊」を選択。
(1)～(3)を満たせば、シナリオ「赤い髪の女」で増援として登場。そのまま加入する。
ビルバイン夜間迷彩
(1)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で「ゴラオン隊」を選択。
(2)シナリオ「静止した闇の中で」で、ショウでバーンを撃破する。
(3)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で「グラン・ガラン隊」を選択。
(4)シナリオ「クロス・ファイト」マップクリア時点で熟練度45以上。
以上を満たしていれば、「クロス・ファイト」クリア後に入手。
トッド＆トッド機（ビアレス or ライネック＆ダンバイン (トッド用)）
以下の条件を満たしていれば、シナリオ「異邦人達の帰還」クリア後に加入。
(1)シナリオ「決戦、第2新東京市」終了後のルート選択で、「EVA弐号機輸送艦隊と合流する」を選択。
(2)シナリオ「聖戦士たち」で、ショウとトッドが戦闘する。
(3)シナリオ「エレの霊力」で、ショウとトッドが戦闘する。
(4)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で、「ゴラオン隊」を選択。
(5)シナリオ「静止した闇の中で」で、ショウがトッドを説得する。
(6)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」で、ショウがトッドを説得する。
(7)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「グラン・ガラン隊」を選択。
(8)シナリオ「異邦人達の帰還」で、「ドレイクの申し出に応じない」を選択する。
(9)シナリオ「異邦人達の帰還」で、ショウがトッドを説得する。
(10)シナリオ「異邦人達の帰還」で、トッドが生存したまま勝利条件（＝グランゾンの目的地到達）を満たす
(11)シナリオ「異邦人達の帰還」クリア時点で、熟練度が35未満ならビアレス、35以上ならライネックとダンバイン (トッド用)を入手。
サイバスター追加武装「乱舞の太刀」
(1)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「グラン・ガラン隊」を選択。
(2)シナリオ「女王リリーナ」開始時点で、熟練度が52以上。
恐らく、全隠し要素の中で熟練度条件が最も厳しい。
EVA3号機＆トウジ
(1)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で、「ゴラオン隊」を選択。
(2)シナリオ「神か、悪魔か…」で、「バルディエルと戦う」を選択する。
以上を満たすと、シナリオ「男の戦い」でEVA3号機とトウジが増援として登場。その後、
(3)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ゴラオン隊」を選択。
するとシナリオ「あしゅら男爵、散る」の開始前に正式加入する。
マジンガーZ強化版
(1)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ゴラオン隊」を選択。
(2)シナリオ「魔神皇帝」で、「マジンガーZに乗る」を選択する。
別ルートを進んだ場合、または「マジンカイザーに乗る」を選択した場合、入手機体はマジンカイザーになる。
尚、この強化版Zは以前のZとは別機体として図鑑に登録される。
ガンバスター追加武装
(1)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ゴラオン隊」を選択。
このルートでは、シナリオ「父の胸の中で泣け！」においてゲッターチームとノリコの特訓イベントが発生。
ガンバスターに武装「バスタートマホークブーメラン」「バスターホームラン」が追加される。
VF-1Jバルキリー
(1)シナリオ「瞬間、心かさねて」または「精霊憑依」終了後のルート選択で「弾丸をEVAで受け止める」を選択。
こちらのルートで輝が合流するシナリオ「奇跡の価値」における輝の乗機は、VF-1Jバルキリーとなっている。
隠し要素（スポット参戦系）
キュベレイ＆ハマーン
(1)シナリオ「バイバイ・マルス」終了後のルート選択で、「リーンホースJr.隊」を選択。
(2)シナリオ「アクシズからの使者」で、選択肢「ハマーンからの申し出を受ける」を選択。
(3)シナリオ「リィナの血」で、クワトロがハマーンを説得する。
(4)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ラー・カイラム隊」を選択。
(5)シナリオ「ダカールの日」で、選択肢「シャアとして答える」を選択。
(6)シナリオ「天使の輪の上で」終了後のルート選択で、「アクシズへ向かう」を選択。
(7)シナリオ「戦士、再び･･･」で、クワトロがハマーンを説得する。
(8)シナリオ「戦士、再び･･･」で、カミーユとハマーンが戦闘する。
(9)シナリオ「戦士、再び･･･」で、ジュドーとハマーンが戦闘する。
(10)シナリオ「戦士、再び･･･」で、ジュドーでハマーンを撃墜する。
(11)シナリオ「ギア・オブ・デスティニー」終了時点で、熟練度が45以上。
以上を満たせば、シナリオ「絶望の宴は今から始まる」で、ハマーンがスポット参戦する。(9)と(10)は同時に条件を満たしてもかまわない。
ノイエ・ジール＆ガトー、ヴァル・ヴァロ＆ケリィ
(1)-1 スーパー系シナリオ「風を呼ぶ者」終了後のルート選択で「南アタリア島へ向かう」を選択。
(1)-2 リアル系シナリオ「未知なる災い」終了後のルート選択で「南アタリア島へ向かう」を選択。
(2)シナリオ「ガンダム強奪」で、ガンダム試作2号機のHPを50％以下にする。
(3)シナリオ「野望の男」で、ガンダム試作2号機を撃墜する。
(4)シナリオ「決戦、第2新東京市」終了後のルート選択で、「リガ・ミリティアと接触し、宇宙へ行く」を選択。
(5)シナリオ「ソロモンの悪夢」で、ガンダム試作2号機を撃墜する。
(6)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ラー・カイラム隊」を選択。
(8)シナリオ「ギア・オブ・デスティニー」終了時点で、熟練度が45以上。
以上を満たせば、シナリオ「絶望の宴は今から始まる」で、ガトーとケリィがスポット参戦する。
守護神ゴードル＆ハイネル
(1)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ゴラオン隊」を選択。
(2)シナリオ「地球を賭けた一騎討ち」で、健一がハイネルと戦闘する。
(3)シナリオ「地球を賭けた一騎打ち」で、「ハイネル達を見逃す」を選択する。
(4)シナリオ「父の胸の中で泣け」で、ボルテスVがハイネルに隣接する（隣接しつつ攻撃してもイベント戦闘にすり替わるため、フラグを立てつつの撃墜は不可能）。
(5)シナリオ「ギア・オブ・デスティニー」でスカールーク(ハイネル)を撃墜する。
(6)以上(2)～(5)を満たすと、その後出現する守護神ゴードル(ハイネル)を健一で説得可能になるので、説得する。
(7)シナリオ「ギア・オブ・デスティニー」終了時点で、熟練度が45以上。
以上を満たせば、シナリオ「絶望の宴は今から始まる」で、ハイネルがスポット参戦する。
隠し要素（ルート分岐関係なし）
EVA初号機（S2機関搭載）
シナリオ「男の戦い」で、初号機がゼルエルに倒されるとイベント発生。
ゼルエルが自動的に撃破され、初号機がS2機関搭載型にバージョンアップする。
なお、修理費40,000の支払いが必要。
ビアレス＆リムル
(1)シナリオ「マシン展開」で、ショウ、マーベル、ニー、キーンの内、1人以上がビショットと戦闘する（＝リムル発見の会話イベントを起こす）
(2)シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」でニーがリムルを説得する。するとその場で加入する。
桜野マリ
どのルートでも加入するが、選択ルートにより条件が異なる。
- シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で「グラン・ガラン隊」を選択した場合
- シナリオ「女王リリーナ」クリア時点で熟練度48以上なら、クリア後に加入する。
- シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で「ラー・カイラム隊」を選択した場合
- シナリオ「駆け抜ける嵐」クリア時点で熟練度48以上なら、クリア後に加入する。
- シナリオ「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で「ゴラオン隊」を選択した場合
- シナリオ「地球を賭けた一騎討ち」開始時点で熟練度38以上なら、同面で増援として出現。そのまま加入する。
マックス＆ミリア専用機
(1)シナリオ「ビッグ・エスケープ」で、マックスがミリア機のHPを50%以下にする、または撃墜する。
(2)シナリオ「運命の矢」で、マックスとミリアが戦闘する。
(3)-1 シナリオ「運命の矢」で、マックスとミリアが戦闘して両者が生き残り、その戦闘で、またはその後、ミリアのHPを50%以下にする。するとミリア撤退＆マックス追撃イベント発生。
(3)-2 シナリオ「運命の矢」で、マックスがミリアを撃墜する。
- (1)または(2)を満たしていない
シナリオ「運命の矢」開始前に入手したマックス専用のVF-1J(S)がそのまま使用可能。
- (1)、(2)、(3)-1を満たした
「運命の矢」においてマックスが一時離脱。
その後、シナリオ「愛・おぼえていますか」のマップ中、クァドラン・ロー＆マックス（巨人）、クァドラン・ロー＆ミリアが増援として登場。そのまま加入する。
- (1)、(2)、(3)-2を満たした
「運命の矢」開始前に入手したマックス専用のVF-1J(S)がそのまま使用可能。
また、シナリオ「愛・おぼえていますか」開始前、VF-1J(S)ミリアを入手し、ミリアが加入する。
VF-1J アーマードバルキリー＆デストロイド・モンスター
(1)シナリオ「ビッグ・エスケープ」で、マックスがミリア機のHPを50%以下にする、または撃墜する。
(2)シナリオ「運命の矢」で、「バルキリー隊を先行させる」を選択する。
(3)-1 シナリオ「運命の矢」で、マックスとミリアが戦闘して両者が生き残り、その戦闘で、またはその後、ミリアのHPを50%以下にする。するとミリア撤退＆マックス追撃イベント発生。
(3)-2 シナリオ「運命の矢」で、マックスがミリアを撃墜する。
(4)「運命の矢」クリア時点で、熟練度が40以上。
以上を満たしていると、「運命の矢」クリア後に両機を入手する。
アストラナガン＆イングラム
(1)シナリオ「隠された殺意」または「イングラムの真意」において、リュウセイとイングラムが戦闘する。
(2)シナリオ「隠された殺意」または「イングラムの真意」において、主人公とイングラムが戦闘する。
(3)シナリオ「この星の明日のために」または「鋼の魂」において、リュウセイがイングラムを説得する。
以上を満たすと、そのまま仲間になる。
隠し要素（ポイント関係）
本作には隠しイベントの発生要素として3種の「ポイント」が設定されている。このうち「ライバルポイント」については、イルムの加入フラグを兼ねている。
ライバルポイント（イルムガルト・カザハラ加入）
- シナリオ「心に念じる、見えない刃」または「黒い超闘士」
- 主人公とイルムが戦闘する（ライバルポイント+1）
- シナリオ「心に念じる、見えない刃」または「黒い超闘士」
- 主人公と恋人が戦闘した後、主人公とイルムが戦闘する（ライバルポイント+1）
- シナリオ「第三の力」または「龍と虎」
- クリア時に、イルムが生き残っている（ライバルポイント+4）
- シナリオ「魔神皇帝」（「ヴァリアブル・フォーメーション」終了後のルート選択で、「ゴラオン隊」を選択）
- 「とにかく突撃あるのみだ」を選択。既存ポイントが4以上の場合、イルムが増援として出現（ライバルポイント+1）
- シナリオ「天使の輪の上で」
- 「作戦を引き受けない」を選択する（ライバルポイント+2）
シナリオ「ギア・オブ・デスティニー」においてイルムがスポット増援として出現するが、開始時点でライバルポイントが6以上の場合、同面クリア後に離脱せず、そのまま加入する。
登場機体はスーパー系ではヒュッケバインEX、リアル系ではグルンガスト改となる。
尚、一部のポイントは恋人ポイントと択一となっているが、PS版ではバグにより恋人ポイントが意味を為していないため、基本的にライバルポイント優先でよい。
- シナリオ「心に念じる、見えない刃」または「黒い超闘士」において、主人公が･･･
- イルムと戦闘→恋人と戦闘→イルムと戦闘、の順だと、ライバルポイント+2、恋人ポイント+1。2人とも撤退。
- イルムと戦闘→恋人と戦闘→恋人を説得、の順だと、ライバルポイント+1、恋人ポイント+2。2人とも撤退。
- シナリオ「天使の輪の上で」において、「作戦を引き受ける」と恋人ポイント+1、引き受けないとライバルポイント+2。
恋人ポイント
- シナリオ「鋼鉄のコクピット」（スーパー）
- 「恋人を探す」を選択（恋人ポイント+1）
- シナリオ「バニシング・トルーパー」（リアル）
- 「それはいい考えだと思う」を選択（恋人ポイント+1）
- シナリオ「戦いは誰のために」（ジャブロールート）
- 「ウッソをしかる」を選択（恋人ポイント+1）
- シナリオ「野望の男」（南アタリアルート）
- 「百物語に参加しない」→「何者かが偶然を装って～」の順で選択（恋人ポイント+1）
- ジャブロールート通過の場合のみ、シナリオ「使徒、襲来」
- 「百物語に参加しない」→「何者かが偶然を装って～」の順で選択（恋人ポイント+1）
- シナリオ「心に念じる、見えない刃」または「黒い超闘士」
- 主人公と恋人が戦闘する（恋人ポイント+1）
- その後説得（恋人ポイント+1）
- 撃破してしまうと（恋人ポイント-2）
- シナリオ「隠された殺意」または「イングラムの真意」
- 「リュウセイを励ます」を選択すると（恋人ポイント+2）
- 「そっとしておく」を選択すると（恋人ポイント+1）
- リーンホースルートの場合、シナリオ「リィナの血」
- 「ジュドーに会う」を選択（恋人ポイント+1）
- シナリオ「第三の力」または「龍と虎」
- 「何も聞かない」を選択（恋人ポイント+3）
- シナリオ「女王リリーナ」「女たちの戦場」「思い出を未来へ」
- 「大切な仲間だから」を選択すると（恋人ポイント+1）
- 「放っておくわけにはいかない」だと（恋人ポイント+2）
- シナリオ「天使の輪の上で」
- 「作戦を引き受けない」を選択する（恋人ポイント+1）
- アクシズルートの場合、シナリオ「クロス・ターゲット」
- 「忍達を止める」を選択すると（恋人ポイント-1）
- 「忍達を止めない」を選択すると（恋人ポイント+1）
以上の箇所が恋人ポイントフラグであり、攻略本等ではこの数値がエンディングに影響すると紹介されている。
ただし、PS版においては恋人ポイントによってエンディングが変化することはないので全くの死にフラグとなってしまっている。DC版では改善されている。
ミンメイ・未沙ポイント
- シナリオ「サタン・ファイト」（弾丸撃ち落としルート）
- 「マクロスに侵入した敵を追う」を選択（ミンメイポイント+1）
- 「増援の敵部隊を迎撃する」を選択（未沙ポイント+1）
- シナリオ「帝国の女王」（弾丸撃ち落としルート）
- 目的地点に輝で到達する（未沙ポイント+1）
- シナリオ「ミス・マクロス」（弾丸受け止めルート）
- 「呼び出しに応じる」を選択（未沙ポイント+1）
- 「無視する」なら（ミンメイポイント+1）
- シナリオ「ファースト・コンタクト」（弾丸受け止めルート）
- 「帰る」を選択（未沙ポイント+1）
- 「帰らない」を選択（ミンメイポイント+1）
- シナリオ「ビッグ・エスケープ」
- 「カイフンがキスをする」を選択（未沙ポイント+1）
- 「輝がキスをする」を選択（ミンメイポイント+1）
上述の結果、輝はシナリオ「愛・おぼえていますか」までにポイントの多い方と結ばれるストーリーになる。
αにおいては、原作どおり未沙とくっつく方が正史。
ただし、ミンメイと結ばれる展開は、全スパロボ中でもこの条件を満たした場合しか見られない。
通過必須ルート
ルート分岐一覧
本作におけるルート分岐は以下の通り。
| 分岐選択時点 | 選択肢 | |
| タイプ | ゲーム開始時 | リアル系 or スーパー系 |
| 第1分岐 | 第9話（※）クリア後 | (1)：南アタリア島へ向かう (2)：ジャブローへ向かう |
| 第2分岐 | 第20話「決戦、第2新東京市」クリア後 | (1)：リガ・ミリティアと接触し、宇宙へ行く (2)：極東地区に残る (3)：EVA弐号機輸送艦隊と合流する |
| 第3分岐 | 第29話（※）クリア後 | (1)：EVA2体による作戦を選ぶ (2)：力押しで使徒を倒す作戦を選ぶ |
| 第4分岐 | 第30話（※）クリア後 | (1)：弾丸を撃ち落とす (2)：弾丸をEVAで受け止める |
| 第5分岐 | 第41話「バイバイ・マルス」クリア後 | (1)：リーンホースJr.隊 (2)：グラン・ガラン隊 (3)：ゴラオン隊 |
| 第6分岐 | 第50話「ヴァリアブル・フォーメーション」クリア後 | (1)：グラン・ガラン隊 (2)：ラー・カイラム隊 (3)：ゴラオン隊 |
| 第7分岐 | 第57話「天使の輪の上で」クリア後 | (1)：アクシズへ向かう (2)：エンジェル・ハイロゥを追う |
| 熟練度 | 第65話「ギア・オブ・デスティニー」クリア後 | 熟練度45以上 or 熟練度44以下 |
※1：第9話は「風を呼ぶ者」（スーパー系）または「未知なる災い」（リアル系）
※2：第29話は「心に念じる、見えない刃」（スーパー系）または「黒い超闘士」（リアル系）
※3：第30話は「瞬間、心かさねて」（EVA2体）または「精霊憑依」（力押し）
必須ルート一覧
各隠し要素につき、通過が必要なルートは以下の通り。
なお、第3分岐と最後の熟練度分岐が影響する隠し要素はない。
| タイプ | 第1 | 第2 | 第4 | 第5 | 第6 | 第7 | |
| G-3ガンダム | (2) | ||||||
| リ・ガズィ2機目 | リアル | ||||||
| ガンダム試作2号機 | (1) | (1) | (2) | ||||
| ΖII | リアル | (1) | |||||
| フォウ | (2) | ||||||
| キュベレイMkII＆プルツー | (1) | (2) | |||||
| ドーベンウルフorシャア専用ザク | (1) | ||||||
| フルアーマーΖΖ | (1) | ||||||
| サザビー | (1) | ||||||
| ヤクトドーガ＆クェス | (2) | ||||||
| νガンダムHWS装着型 | (1) | (2) | |||||
| ビギナ・ギナ | (2) | ||||||
| ガンダムF90V | (1) | (2) | |||||
| ザク改＆バーニィ | (1) | (1) | |||||
| R-GUNパワード（レビ版） | (2) | (1) | |||||
| トールギスIII＆ミリアルド | (1) | (2) | |||||
| VF-1Jバルキリー | (2) | ||||||
| バストール＆ガラリア | (2)(3) | (3) | |||||
| ビルバイン夜間迷彩 | (3) | (1) | |||||
| トッド専用機＆トッド | (3) | (3) | (1) | ||||
| サイバスター乱舞の太刀 | (1) | ||||||
| EVA3号機＆トウジ | (3) | (3) | |||||
| マジンガーZ強化版 | (3) | ||||||
| ガンバスター追加武装 | (3) | ||||||
| イルム専用機＆イルム | (3)※ | ||||||
| ハマーン（スポット参戦） | (1) | (2) | (1) | ||||
| ガトー＆ケリィ（スポット参戦） | (1) | (1) | (2) | ||||
| ハイネル（スポット参戦） | (3) |
※イルムについては、ゴラオンルートの通過で必要なポイントを入手しやすくなる。