隠し要素/新
新スーパーロボット大戦の隠し要素
ウイングガンダム＆ヒイロ・ユイ
(1)宇宙編第28話「宇宙の墓場」でスポット参戦するヒイロでゼクスのトールギスを撃墜する。
(2)同様に第32話「天使たちの昇天」でもヒイロでゼクスを撃墜する。
(3)第34話「逆襲のシャア」でゼクスに味方が1機撃墜されると登場しそのまま加入する。
修理費用は取られるが、BWS付きのリ・ガズィならその心配は無い。
守護神ゴードル＆プリンス・ハイネル
(1)地上編第19話「ボアザンの誇り」でジャンギャル将軍のスカールークのHPを45%以下にするとHP回復し増援。
(2)そこからHPを20%以下にすると大空魔竜に特攻をかけてくるので、ここで反撃しない。
(3)第20話「裏切り」で出現するハイネルを剛健一で3回説得すれば加入。
強力なユニットではあるが、第22話「黒い科学」終了と共に離脱。
(4)隠しシナリオ第36話「狂気の力」第2MAPで健一を「横1：縦10」から「横6：縦15」の座標の部屋に移動させると再加入。(1)～(3)を起こしてなくても可。
ノーベルガンダム＆アレンビー・ビアズリー
(1)地上編第28話「デンジャラス・アレンビー」で「アレンビーと決着をつける」を選ぶ。
(2)第32話「香港の死闘」で2ターン目以降ドモンでアレンビーを2回説得すれば加入。
仲間にしなかった場合、第35話「ファイナルバトル」、第36話「狂気の力」第3MAPでウォルターガンダムに搭乗し敵として登場。
ライジングガンダム＆レイン・ミカムラ
地上編第28話で「レインを追いかける」を選ぶと第33話「ランタオ島の秘密」開始前に加入。
その他の隠し要素
ケイト・ブッシュ離脱
宇宙編第15話「ジブラルタル空域」でマスドライバーの隣マスに敵機が侵入するとケイト死亡イベントが発生し永久離脱する。
V2ガンダム追加装備
宇宙編第21話「ムーンガーディアン」で3機のシャトルを全機守りきるか1機撃墜されるかで分岐。第26話「新たなる力」で全機無事だった場合はV2アサルトガンダムに、撃墜された場合はV2バスターガンダムにそれぞれ強化される。どちらを選んでも第33話「戦場に響く鈴の音」で強制的にV2アサルトバスターガンダムに換装される。
レイズナー追加武装
地上編第25話「死鬼隊の復讐」で大空魔竜がダメージを受けるとレイズナーがV-MAXを発動するイベントが発生。以後任意でV-MAXを発動可能になり、第33話「ランタオ島の秘密」で強化型レイズナーに乗り換え。
このイベントを起こさなかった場合、第33話でレイズナーMk-IIに乗り換え。
ライディーン追加武装
第25話でライディーンを「横13：縦9」の座標に移動させるとゴッドボイスが、「横10：縦13」に移動させると新型のゴーガンソードがそれぞれ手に入る。このゴーガンソードは元々装備されているものと交換されるが無改造状態なので注意。
追加MAP兵器
本作では一部の武装を8段階以上改造することで同名のMAP兵器が追加されるユニットが存在する。対象となるのはV2ガンダムの光の翼、ウイングガンダムのバスターライフル、ゴッドガンダムの爆熱ゴッドフィンガー、ダンクーガのダイガン。
隠し最終話
地上編もしくは宇宙編を最後までクリアしたデータをセーブしておき、もう一方のルートの最終話をクリアした時点でそのデータを読み込むと両ルートのメンバーが合流した隠しシナリオ第36話「狂気の力」が出現する。各ルートのレベルや改造は引き継ぐが両ルートに登場するゲッターチーム、SRXチームに関しては事前にクリアしたデータとは別の方のレベルや改造が優先される。また、強化パーツは一切引き継がれない。
第2MAPには一部の味方ユニットを特定座標に配置させることで加入する隠しキャラが存在する。
トールギス＆ゼクス・マーキス
ヒイロを「横38：縦24」から「横46：縦28」の座標の部屋に移動させると登場。
ガンダムシュピーゲル＆シュバルツ・ブルーダー
ドモンを「横30：縦48」から「横37：縦54」の座標の部屋に移動させると登場。
ブラッディカイザル＆アルバトロ・ミル・ジュリア・アスカ
エイジを「横36：縦3」から「横46：縦4」の座標の部屋に移動させると登場。