アニメ作品では台詞を書き起こす際に書き手によって振れ幅が生じるのは仕方ないと思いますが、『サクラ大戦』の場合は原作がゲームという性質上、殆どの台詞が文章として存在しており。で締めくくられています。原作には台詞に「」はありませんが、スパロボwikiに書き起こす際に本wikiの特性に合わせて「」で括り、後は原作の台詞を文体そのままでというやり方でやっています。
国語語分科会第23回議事要旨
http://www.bunka.go.jp/seisaku/bunkashingikai/kokugo/kokugo/kokugo_23/gijiyoshi.html
〇かぎ括弧で,「はい。」のように句点を付けてから,かぎ括弧を付けるが,規則はあるのか。
△学校教育では句点を付けている。これは,先ほど出ていた「くぎり符号の使ひ方〔句読法〕(案)」を指針としているためである。
○文学作品では,ほとんど句点を付けていないのではないか。
△現在の作家の中で,付けているのは黒井千次氏と吉本ばなな氏くらいである。
というやり取りの通り、「」の中に。を打つ表現は文学作品では一般的ではありませんが、だからといって文法的におかしいといった事はありません。