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3ケ月後、竜宮島への新種フェストゥムの襲来を受け、UXは再び島へ出撃、新人を含めたアルヴィスの面々を迎えて「世界の真実」へと立ち向かっていく。

3ケ月後、竜宮島への新種フェストゥムの襲来を受け、UXは再び島へ出撃、新人を含めたアルヴィスの面々を迎えて「世界の真実」へと立ち向かっていく。

復活したスクラッグを完全に撃破した後、石神の隠していた真実、即ちヒトマキナの存在を知った彼らは、その意志に従い月内部のヒトマキナの拠点攻略作戦を実行。フェストゥムやELS、バジュラとの対話の道を切り開き、怨敵ハザードとザ・ブーム軍を、さらに彼らを撃破した直後のバジュラ本星での戦闘にて、人類軍とフロンティア船団首脳部を抹殺したギャラクシー船団の首脳部をも撃破。そして、ヨグ＝ソトースの門の先にある未来の宇宙にて[[マスターテリオン]]を撃破、地球圏の脅威を完全に取り除くも、部隊の帰還は事実上不可能となった。

復活したスクラッグを完全に撃破した後、石神の隠していた真実、即ちヒトマキナの存在を知った彼らは、その意志に従い月内部のヒトマキナの拠点攻略作戦を実行。フェストゥムやELS、バジュラとの対話の道を切り開き、怨敵ハザードとザ・ブーム軍を、さらに彼らを撃破した直後のバジュラ本星での戦闘にて人類軍とフロンティア船団首脳部を抹殺し全銀河の支配を企てたギャラクシー船団の首脳部も和解した[[バジュラ]]・[[フェストゥム]]・[[ELS]]の助力も得て撃破。そして、ヨグ＝ソトースの門の先にある未来の宇宙にて[[マスターテリオン]]を撃破、同時に全ての黒幕であった[[ナイア|邪神ナイアルラトホテップ]]の計画を完全に崩壊させたことで、地球圏の脅威を完全に取り除くも、部隊の帰還は事実上不可能となった。

しかし、その矢先に[[ノーヴル・ディラン]]の招集を受けたUXは、ユガの狭間で彼女と対峙。そこで世界の真実を知った彼らは、世界をリセットすべく現れた[[カリ・ユガ]]を撃破。[[春日井甲洋]]や[[フェイ・イェンHD]]らの導きを受け、門を潜る前の元の世界へと戻って行った。

しかし、その矢先に[[ノーヴル・ディラン]]の招集を受けたUXは、ユガの狭間で彼女と対峙。そこで世界の真実を知った彼らは、世界をリセットすべく現れた[[カリ・ユガ]]を撃破。[[春日井甲洋]]や[[フェイ・イェンHD]]らの導きを受け、門を潜る前の元の世界へと戻って行った。

:人類軍による竜宮島制圧作戦時に[[日野道生]]、[[カノン・メンフィス]]が投降する形で参加・配属される。後にバイストン・ウェルにて合流前に自爆した[[羽佐間翔子]]が合流、ラインバレル破壊作戦時に咲良が同化及び[[ラインバレル・アマガツ]]から受けた重傷の治療のため離脱。

:人類軍による竜宮島制圧作戦時に[[日野道生]]、[[カノン・メンフィス]]が投降する形で参加・配属される。後にバイストン・ウェルにて合流前に自爆した[[羽佐間翔子]]が合流、ラインバレル破壊作戦時に咲良が同化及び[[ラインバレル・アマガツ]]から受けた重傷の治療のため離脱。

:蒼穹作戦に前後して真矢が実戦参加するが、竜宮島防衛戦で総士が拉致された上に道生がMIA、直後のホウジョウ軍迎撃戦で衛もMIAとなってしまう。道生は近海に潜伏していたイルボラの部隊に救出され、蒼穹作戦の最中に帰還するが、総士は救出が一歩間に合わず、帰還を待たずして同化されてしまう。

:蒼穹作戦に前後して真矢が実戦参加するが、竜宮島防衛戦で総士が拉致された上に道生がMIA、直後のホウジョウ軍迎撃戦で衛もMIAとなってしまう。道生は近海に潜伏していたイルボラの部隊に救出され、蒼穹作戦の最中に帰還するが、総士は救出が一歩間に合わず、帰還を待たずして同化されてしまう。

:3ケ月後に[[立上芹]]、[[西尾里奈]]、[[西尾暉]]、[[堂馬広登]]が加入、さらに咲良と衛が復帰するが、芹は島のコアの負担を軽減するため、第二次蒼穹作戦終了まで離脱を余儀なくされる。作戦中に甲洋が[[マークフィアー]]に同化する形で帰還、作戦終了時に総士が戦術指揮官として復帰。バジュラ本星宙域での戦闘中に[[フェストゥム]]の[[来主操]]が参戦している。

:3ケ月後に[[立上芹]]、[[西尾里奈]]、[[西尾暉]]、[[堂馬広登]]が加入、さらに咲良と衛が復帰するが、芹は島のコアの負担を軽減するため、第二次蒼穹作戦終了まで離脱を余儀なくされる。作戦中に甲洋が[[マークフィアー]]に同化する形で帰還、作戦終了時に総士が戦術指揮官として復帰。バジュラ本星宙域での戦闘中に[[フェストゥム]]の[[来主操]]も加わっている。

;[[バイストン・ウェル]]

;[[バイストン・ウェル]]

:転移に巻き込まれた後、地上人の[[エイサップ・鈴木]]が[[ナナジン]]に乗ってそのまま参加。後に[[アマルガン・ルドル]]率いる反乱軍、さらに[[リュクス・サコミズ]]も対サコミズのために合流。さらに、別のバイストン・ウェルから[[ショウ・ザマ]]、[[チャム・ファウ]]、[[マーベル・フローズン]]、奇械島での戦闘後に[[バーン・バニングス]]が加入。ヒトマキナとの決戦中に生還した[[シンジロウ・サコミズ]]も加わっている。

:転移に巻き込まれた後、地上人の[[エイサップ・鈴木]]が[[ナナジン]]に乗ってそのまま参加。後に[[アマルガン・ルドル]]率いる反乱軍、さらに[[リュクス・サコミズ]]も対サコミズのために合流。さらに、別のバイストン・ウェルから[[ショウ・ザマ]]、[[チャム・ファウ]]、[[マーベル・フローズン]]、奇械島での戦闘後に[[バーン・バニングス]]が加入。ヒトマキナとの決戦中に生還した[[シンジロウ・サコミズ]]も加わっている。