『新世紀エヴァンゲリオン』に登場する、セカンドインパクト後に壊滅した東京に代わって、現在の長野県松本市に建設された新しい日本の首都。
Fやαシリーズでは東京が現存しているため、原作通りの第2新東京市は存在せず、代わりに原作に置ける第3新東京市が「第2新東京市」という名称になっている。