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E.U.との戦争を優位に進めつつ、中華連邦との宥和外交も急速に進展させ、長兄のオデュッセウスと[[天子]]の政略結婚によって、中華連邦との同盟を締結させようと、特派やラウンズのメンバーを率いて中華連邦に赴く。結婚式の前日に開かれたパーティーにて対面したゼロとチェスの勝負を行うが、この時のゼロの駒の動かし方から、彼の正体について、看破したかのような素振りを見せている。しかし結婚式当日、[[黎星刻]]達のクーデターに乗じて襲撃してきたゼロに天子を誘拐され、自ら天子奪還の指揮を取る事になるが、天子を平気で使い捨ての道具に扱う大宦官達のあまりにも醜い私利私欲に走る様が、民衆達に通信で知れ渡ってしまった結果、民衆達の暴動が起こった上に大宦官達も抹殺された事で、中華連邦が黒の騎士団側についた事を悟り、手を引く事になる。

E.U.との戦争を優位に進めつつ、中華連邦との宥和外交も急速に進展させ、長兄のオデュッセウスと[[天子]]の政略結婚によって、中華連邦との同盟を締結させようと、特派やラウンズのメンバーを率いて中華連邦に赴く。結婚式の前日に開かれたパーティーにて対面したゼロとチェスの勝負を行うが、この時のゼロの駒の動かし方から、彼の正体について、看破したかのような素振りを見せている。しかし結婚式当日、[[黎星刻]]達のクーデターに乗じて襲撃してきたゼロに天子を誘拐され、自ら天子奪還の指揮を取る事になるが、天子を平気で使い捨ての道具に扱う大宦官達のあまりにも醜い私利私欲に走る様が、民衆達に通信で知れ渡ってしまった結果、民衆達の暴動が起こった上に大宦官達も抹殺された事で、中華連邦が黒の騎士団側についた事を悟り、手を引く事になる。

第二次トウキョウ決戦直前、密かに[[ギルバート・G・P・ギルフォード]]や[[グラストンナイツ]]にスザクの尾行をさせる事で、[[ルルーシュ・ランペルージ]]の捕獲に成功。彼の正体がゼロである事を確信する。第二次トウキョウ決戦後は、ルルーシュの元から脱出した[[コーネリア・リ・ブリタニア]]も同行させて、黒の騎士団の旗艦である斑鳩に来訪。これまで集めた資料のデータを基に、ゼロの正体が自分と同じブリタニアの皇子である事や、彼の持つ「ギアス」について暴露。更にはギアスに掛けられたユーフェミアを始めとする被害者リストを見せて、自身もギアスに操られているかもしれないという恐怖を演じて、黒の騎士団のルルーシュへの不信や怒りを増大させ、[[扇要|扇]]の「日本返却」の要求を呑むことで、ルルーシュの捕獲には失敗したが、黒の騎士団から追放し、孤立させる事には成功した。[[枢木スザク]]の提案によって、兼ねてより父・シャルルの皇帝としての責任力の無さに不満を抱いていたシュナイゼルは、シャルルを抹殺して自らが皇帝の座に就く事を決意。「ナイトオブワン」の称号を与える事を条件に、スザクにシャルルの[[暗殺]]を命令する。スザクが「Cの世界」に向かっている間、[[シャルル・ジ・ブリタニア]]や[[マリアンヌ・ヴィ・ブリタニア]]の同志であった[[ビスマルク・ヴァルトシュタイン]]に、シャルルの計画の完遂後はブリタニアを自由にして良いと言われていたが、ルルーシュとスザクの二人にシャルルとマリアンヌが抹殺された事で計画は頓挫。皇帝の座はルルーシュの手に渡り、自らが皇帝の座に就く事は叶わなかった。

第二次トウキョウ決戦直前、密かに[[ギルバート・G・P・ギルフォード]]や[[グラストンナイツ]]にスザクの尾行をさせる事で、[[ルルーシュ・ランペルージ]]の捕獲に成功。彼の正体がゼロである事を確信する。第二次トウキョウ決戦後は、ルルーシュの元から脱出した[[コーネリア・リ・ブリタニア]]も同行させて、黒の騎士団の旗艦である斑鳩に来訪。これまで集めた資料のデータを基に、ゼロの正体が自分と同じブリタニアの皇子である事や、彼の持つ「ギアス」について暴露。更にはギアスに掛けられたユーフェミアを始めとする被害者リストを見せて、自身もギアスに操られているかもしれないという恐怖を演じて、黒の騎士団のルルーシュへの不信や怒りを増大させ、[[扇要|扇]]の「日本返却」の要求を呑む（実際のところ日本返却の是非は皇帝の権利であり、またこれは黒の騎士団では無く超合集国評議会の管轄である）ことで、ルルーシュの捕獲には失敗したが、黒の騎士団から追放し、孤立させる事には成功した。[[枢木スザク]]の提案によって、兼ねてより父・シャルルの皇帝としての責任力の無さに不満を抱いていたシュナイゼルは、シャルルを抹殺して自らが皇帝の座に就く事を決意。「ナイトオブワン」の称号を与える事を条件に、スザクにシャルルの[[暗殺]]を命令する。スザクが「Cの世界」に向かっている間、[[シャルル・ジ・ブリタニア]]や[[マリアンヌ・ヴィ・ブリタニア]]の同志であった[[ビスマルク・ヴァルトシュタイン]]に、シャルルの計画の完遂後はブリタニアを自由にして良いと言われていたが、ルルーシュとスザクの二人にシャルルとマリアンヌが抹殺された事で計画は頓挫。皇帝の座はルルーシュの手に渡り、自らが皇帝の座に就く事は叶わなかった。

コーネリア、[[カノン・マルディーニ]]、[[ディートハルト・リート]]、[[アーニャ・アールストレイム]]らと共にブリタニアから離反した後、カンボジアのトロモ機関へと身を移していたが、皇帝となったルルーシュが日本で超合衆国と会談を行っている隙を突いて、多数のフレイヤを搭載した巨大天空要塞「[[ダモクレス要塞|ダモクレス]]」を起動させ、ブリタニアの首都・[[ペンドラゴン]]をリミッターを解除したフレイヤで殲滅。首都で暮らす民衆はおろか、ルルーシュの傀儡に成り下がった異母兄弟達殆どをも抹殺してしまった。その後、全世界をダモクレスに搭載されたフレイヤの射程圏内におく作戦を計画し、人々を恐怖で従属させることで世界平和を実現する「[[神]]」になろうとする。更には、第二次トウキョウ決戦時に、密かに救出していた[[ナナリー・ランペルージ]]を、対ルルーシュの切り札として次期ブリタニアの皇帝に擁立させようとするが、世界を恐怖で支配しナナリーまで政治の道具として利用しようとする自身のやり方にコーネリアが異を唱えた事で、銃撃して彼女を退陣させる。そして、超合衆国の首脳陣を人質に取られ身動きが出来なくなった[[黒の騎士団]]のメンバーをも自らの傘下に収め、ルルーシュ率いるブリタニア軍との決戦に移る。その際に、アーニャには記憶を戻すと嘘をつき戦力として使う。

コーネリア、[[カノン・マルディーニ]]、[[ディートハルト・リート]]、[[アーニャ・アールストレイム]]らと共にブリタニアから離反した後、カンボジアのトロモ機関へと身を移していたが、皇帝となったルルーシュが日本で超合衆国と会談を行っている隙を突いて、多数のフレイヤを搭載した巨大天空要塞「[[ダモクレス要塞|ダモクレス]]」を起動させ、ブリタニアの首都・[[ペンドラゴン]]をリミッターを解除したフレイヤで殲滅。首都で暮らす民衆はおろか、ルルーシュの傀儡に成り下がった異母兄弟達殆どをも抹殺してしまった。その後、全世界をダモクレスに搭載されたフレイヤの射程圏内におく作戦を計画し、人々を恐怖で従属させることで世界平和を実現する「[[神]]」になろうとする。更には、第二次トウキョウ決戦時に、密かに救出していた[[ナナリー・ランペルージ]]を、対ルルーシュの切り札として次期ブリタニアの皇帝に擁立させようとするが、世界を恐怖で支配しナナリーまで政治の道具として利用しようとする自身のやり方にコーネリアが異を唱えた事で、銃撃して彼女を退陣させる。そして、超合衆国の首脳陣を人質に取られ身動きが出来なくなった[[黒の騎士団]]のメンバーをも自らの傘下に収め、ルルーシュ率いるブリタニア軍との決戦に移る。その際に、アーニャには記憶を戻すと嘘をつき戦力として使う。