隠し要素/α外伝
- 本作ではシリーズで初めて熟練度による難易度変更が採用された（本作では難・普・易の三段階）。この難易度により入手できる内容が変わるものが多い。
- 特定のルートを選択することが要求されるものはαほどは多くないが、「ガンダムX系のルート」「∀ガンダム系のルート」「ザブングル系のルート」の通過で入手出来るものがそれぞれ存在する。ルートの関係上これらの同時入手は出来ない。
- 一部のステージにはマウンテンサイクルが存在し、様々な強化パーツや隠し機体が埋没している。
- 本作で初採用されたバザーでは、強化パーツや機体が売出来る。一部のステージでは、バザーでの購入でしか入手出来ない機体も出品されている。
分岐表
| 共通 |
|---|
| － |
↓
| リーンホース隊（月へ） | アーガマ隊（極東支部へ） |
|---|---|
| － | － |
↓
| 共通 |
|---|
| 量産ゲシュペンストII or 量産ヒュッケバインII or 量産グルンガスト弐式 キュベレイ or キュベレイMk-II 1/2 |
↓
| フォートセバーンへ直行しない（∀） | フォートセバーンへ直行する(GX) |
|---|---|
| コレン 1/2 ボルジャーノン |
Gビット 1/4 ジェニス改 1/3 |
↓
| フォートセバーンへ行く | ビシニティに残る |
|---|---|
| Gビット 2/4 | － |
↓
| 共通 |
|---|
| Gビット 3/4 ジェニス改 2/3 |
↓
| 熟練度14以下 | 熟練度15以上 |
|---|---|
| ブラッカリィ 1/3 | ブラッカリィ 1/3 トロン |
↓
| 共通 |
|---|
| ブラッカリィ 2/3 Hi-νガンダム or HWS キュベレイ or キュベレイMk-II 2/2 |
↓
| 月へ向かう（宇宙） | Xポイントへ向かう（地上） |
|---|---|
| Gビット 4/4 ジェニス改 3/3 コレン 2/2 マジンガーZ強化 真ゲッター or ゲッターG強化 |
ブラッカリィ 3/3 マジンガーZ強化 真ゲッター or ゲッターG強化 |
↓
| 共通 |
|---|
| Zガンダム強化 |
↓
| 熟練度11以下 | 熟練度12以上 | |
|---|---|---|
| － | － | |
| － | 熟練度32以下 | 熟練度33以上 |
| － | － | － |
隠し要素一般
ガンダムX・ガンダムDX追加武装「Gビット」
GX系のシナリオを通るルートを選択していく事で、条件を満たす事が出来る。
（1）GX15話「あなたに、力を…」にて、3EPまでにガロードが6機以上敵を倒す。
（2）フォートセバーン19話「共鳴する力」（後編）にて、ベルディゴ（カリス）をガロードで撃墜する。
（3）23話「Loreleiの海」にて、4PPまで勝利条件を達成しない（＝ジャミルのGXビットイベントを起こす）。
（4）宇宙32話「飛べ、宇宙へ」にて、ガロードがエニルを説得する。
以上を満たすと、36話クリア後に装備される。また、この条件を満たすとティファがガロードのサブパイロットとなり、ガロードもGビットを使用出来る様になる。
ジェニス改エニルカスタム
上記同様、GX系ルートを選択していく必要がある。
（1）GX16話「ガンダム、売るよ」にて、ガロードがエニルと戦闘する。
（2）同話にて、ガロードでエニルを撃墜する。
（3）22話「謎のランドシップ」にて、ガロードがエニルと戦闘する。
（4）宇宙32話「飛べ、宇宙へ」にて、ガロードがエニルを説得する
以上を満たすと、その場で仲間になる。尚、エニルは条件の有無に関わらず仲間になる。
コレン専用カプル＆コレン
∀系のシナリオを通るルートを選択していく事で、条件を満たす事が出来る。
（1）∀17話「白い悪魔」（後編）にて、ロランとコレンが戦闘する。
（2）同話にて、アイアン・ギアー（ディアナ搭乗）でコレンを説得する。
（3）宇宙32話「飛べ、宇宙へ」にて、ロランとコレンが戦闘し、戦闘後、両者が生き残る。
以上を満たすと、コレンの撤退イベントが発生。その後37話「僕らが望んだ戦争だ」にて増援として登場し、加入する。
ブラッカリィ＆エルチ
ザブングル系のルートを選択していく事で、条件を満たす事が出来る。
（1）高熟練度29話「女いろいろ万華鏡」または低熟練度29話「女の心をあやつれば」にて、ジロンでエルチを2度説得する（→敵が撤退）
（2）30話「イノセントを統べる者」（前編）にて、ジロンでエルチを説得する（→ギア・ギアが変形）強攻策・奇襲策どちらでも同じ。
（3）地上33話「エルチ、目覚めよ」にて、ジロンでエルチを説得する。
以上を満たすと、39話「決戦！Xポイント」クリア後に入手。エルチもパイロットとして登録される。
尚、条件を満たさなかった場合、機体は入手出来ないが、エルチはアイアン・ギアーのサブパイロットとして登録される。
カプリコ＆トロン
高熟練度28話「イノセントの黒歴史」にて、前半の一騎打ちイベントでジロンがパンチ以外の攻撃をしない。
倒していない場合は3PPにNPCになり、クリア後仲間に。倒した場合でも同じくクリア後に仲間になる。
ボルジャーノン（ギャバン用）
∀17話「白い悪魔」（前編）にて、ロラン・ギャバン一騎打ち時にギャバンを撃墜しない。
Zガンダム（強化版）
39話「決戦！Xポイント」にて、カミーユの乗ったZガンダムが出撃している状態で、ロザミィのHPを50%以下にする。
するとイベントが発生し、Zガンダムが強化される。ただし、このイベントが発生するとロザミィは死亡した事になる。
リュウセイの乗機変化
第8話で合流するリュウセイの機体は、その時点の難易度で変化する。
- ハード（熟練度6以上）：量産型ゲシュペンストMk-II
- ノーマル（熟練度2～5）：量産型ヒュッケバインMk-II
- イージー（熟練度0～1）：量産型グルンガスト弐式
この機体は地上33話で再合流後も使用可能だが、いずれの場合もすぐにR-1改に乗り換えるので、機体の違いにさほど意味は無い。
ただし、上記のうち、グルンガスト弐式、変形後の量産型Gホークだけは、この方法で手に入れておかないと図鑑に載せることが出来ない。
Hi-νガンダム or ヘビーウェポンシステム
30話「イノセントを統べる者」（後編）にて、色の違う床が4箇所ある。そのうち入り口から2番目に近い色違い床に入ると手に入る。
熟練度25以上ならHi-νガンダム、熟練度24以下ならヘビーウェポンシステム（νガンダム用の換装パーツ）を入手。
キュベレイ or キュベレイMk-II（プルツー用）
（1）9話「愚者の祭典」にて、ジュドーとプルでプルツーを説得する
（2）-1：30話「イノセントを統べる者」（前編）にて、ジュドーでプルツーを説得する。強攻策・奇襲策どちらでも同じ。
（2）-2：30話「イノセントを統べる者」（前編）にて、ジュドーかプルでプルツーを説得する。強攻策・奇襲策どちらでも同じ。
（1）を満たした場合、（2）-1を満たすことで、クリア後キュベレイを入手。
（1）を満たさなかった場合、（2）-2を満たすことで、クリア後キュベレイMk-IIを入手。
尚、条件を満たさなくてもプルツーは必ず味方になる。
マジンガーZ（強化版）
宇宙・地上いずれの場合も36話で条件発生。以下の条件を満たすと、クリア後に入手する。
宇宙36話「奪われた真・ゲッターロボ」（後編）にて、マジンガーZが撃墜される前に鉄也で隣接する。 地上36話「真・ゲッターロボ対マジンカイザー」（前編）にて、マジンガーZがマジンカイザー（ゴーゴン）に隣接する事で勝利条件を満たす。
真・ゲッターロボ or ゲッターロボG（強化版）
宇宙36話「奪われた真・ゲッターロボ」（後編)または地上36話「真・ゲッターロボ対マジンカイザー」（後編）にて、
真・ゲッター1（バット）を撃墜した場合はゲッターロボGを、撃墜せずに削ってクリアした場合は真・ゲッター1を、クリア後に入手する。
マウンテンサイクル関係
本作には一部のマップにマウンテンサイクルが存在し、特定のマスに入ると強化パーツや隠し機体が入手できる。序盤は地形「山」の上に洞穴が開いている、という分かり易いグラフィックになっているが、後半では地形的なヒントの無い、所謂「隠しマウンテンサイクル」も存在する。
下記のうち、太字はマウンテンサイクルでのみ登場する（＝拾って出撃させないと図鑑に載らない）隠し機体である。なお、これについてはルート分岐する場合でも、どちらのルートでも入手出来る様になっている。
| 難 | 普 | 易 | |
|---|---|---|---|
| ∀14話 「招かれざる客」 |
チョバムアーマー ドンキーのパン マグネットコーティング | ||
| ∀15話 「ディアナ降臨」 |
ソーラーパネル 対ビームコーティング | ||
| ∀17話 「白い悪魔」（後編） |
カートリッジ VRメット | ||
| GX17話 「月の民」 |
カートリッジ | ||
| フォートセバーン20話 「過去からの侵略」 |
テム＝レイの回路 | ||
| ガンイージ | ガンブラスター | サザビー | |
| ジム・クゥエル | Vガンダムヘキサ | ZII | |
| ビシニティ18話 「機械の獣たち」 |
プロペラントタンク | ||
| ビシニティ19話 「百年の恋」 |
ホバークラフト 大型ジェネレーター | ||
| ビシニティ20話 「黒歴史の遺産」 |
ガンイージ | ガンブラスター | サザビー |
| ジム・クゥエル | Vガンダムヘキサ | ZII | |
| 22話 「謎のランドシップ」 |
VF-11 | アーマードバルキリー | フルアーマーZZパーツ （換装パーツ） |
| 高熟練度26話 「果てしなき大空に誓う」 （後編マップ） |
ソーラーパネル | 大型ジェネレーター | × |
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・山地の灯り近辺。 | |||
| 宇宙36話 「奪われた真・ゲッターロボ」 （後編マップ） |
デストロイド・モンスター | ミノフスキークラフト | ハロ |
| ジ・O | ノイエ・ジール | ガンダム試作2号機 | |
| 地上32話 「姿なき恐竜空爆隊」 |
ソーラーパネル | ||
| 地上34話 「この星は僕らのものだ」 |
大型ジェネレータ－ バイオセンサー | ||
| 地上36話 「真・ゲッターロボ対マジンカイザー」 （後編マップ） |
デストロイド・モンスター | ミノフスキークラフト | ハロ |
| ジ・O | ノイエ・ジール | ガンダム試作2号機 | |
| 37話 「僕らが求めた戦争だ」 |
ハロ | ナノマシンユニット | ビルドアップパーツ |
| 高性能照準器 | ミノフスキークラフト | メガジェネレーター | |
| 38話 「月光蝶」 （後編マップ） |
ミンメイ人形 | 精神エナジー装置 | 超高性能スラスター |
| ミノフスキークラフト | ミノフスキードライブ | 特殊強化装甲 | |
| ※隠しマウンテンサイクル。マップ南西・山の洞穴の反対側あたり。 | |||
| 39話 「決戦！Xポイント」 |
テム＝レイの回路 | ハロ | 勇者の印 |
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北東・山中。 | |||
| イージー42話 「歪んだ未来」 |
鋼の魂 | ||
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・山中 | |||
| ハード・ノーマル41話 「黒歴史の終焉」 |
HPHGCP 大型ジェネレーター |
||
| ノーマル42話 「地球の後継者」 |
勇者の印 | ||
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・山中 |
|||
| ハード42話 「竜が滅ぶ日」 |
ハロ | ||
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・森林 | |||
バザー関係
前述の通り、バザーでは強化パーツや機体の売買が行える。出品されている機体は敵として登場するモビルスーツ・ウォーカーマシンが主だが、一部の機体はバザーで購入することでしか登場しない（＝購入して出撃させないと図鑑に載らない）。また、いずれかのパラメータ（HP・EN・装甲・運動性・限界反応）をフル改造した機体を売却すると、店主が対応する強化パーツを、複数箇所であれば更に特別なパーツをくれる。
詳細については『バザー詳細/α外伝』を参照。
バザー限定で登場する機体
- リック・ディアス（黒） 価格：750BS
- GX17話「月の民」∀17話「白い悪魔」クリア後
- フォートセバーン18話「僕がニュータイプだ」ビシニティ18話「機械の獣たち」クリア後
- 24話「大地の守護神」クリア後
- 高熟練度29話「女いろいろ万華鏡」低熟練度29話「女の心をあやつれば」クリア後
- ゲルググ・M 価格：650BS
- GX17話「月の民」∀17話「白い悪魔」クリア後
- フォートセバーン20話「過去からの侵略」ビシニティ20話「黒歴史の遺産」クリア後
- 24話「大地の守護神」クリア後
- 高熟練度26話「果てしなき大空に誓う」低熟練度26話「破れかぶれのラグ」クリア後
- ヴァル・ヴァロ 価格：1500BS
- 宇宙34話「時を越えた対決」クリア後
- ガーベラ・テトラ 価格：1600BS
- 宇宙35話「私はD.O.M.E.…黒歴史を封印するもの」クリア後
※以下の2機はマウンテンサイクルで拾うことも可能。
- ガンイージ 価格：750BS
- GX17話「月の民」∀17話「白い悪魔」クリア後
- フォートセバーン19話「共鳴する力」ビシニティ19話「百年の恋」クリア後
- 24話「大地の守護神」クリア後
- 高熟練度29話「女いろいろ万華鏡」低熟練度29話「女の心をあやつれば」クリア後
- ガンブラスター 価格：800BS
- フォートセバーン19話「共鳴する力」ビシニティ19話「百年の恋」クリア後
- 22話「謎のランドシップ」
- 25話「もう逢えない気がして」
- 31話「天地を灼く剣」