隠し要素/MX

本作の隠し要素はシリーズで見るとかなり少ない部類に入る。 また、味方データの存在するパイロットはアルベロを除き全て無条件で加入するため、隠しパイロットはいない。

隠し要素

量産型グレートマジンガー

• 「かつて誓った平和のために」において、ボスボロットに乗ったボスでバレンドス親衛隊長が乗っていない量産型グレートを一機撃墜する。この条件を満たさない場合、「一輪の花と緑の星と」において鉄也の撃墜数が50未満の場合に入手。

ブラック・グレート

• 量産型グレートを入手しており、鉄也の撃墜数が50以上の場合、「一輪の花と緑の星と」クリア時に入手。
  • 逆に言うと、「かつて誓った平和のために」において、ボスボロットに乗ったボスで量産型グレートを撃墜せずに、鉄也の撃墜数が50以上の場合、量産型グレートもブラックグレートも手に入らなくなってしまう

フルアーマー電童

• 「虹を超えて」において、アルデバラン内部に最初に電童を侵入させる。
• クリア条件の扉を電童で破壊。
• 銀河と北斗の合計撃墜数が40以上。

以上の条件を全て満たすと、第35話「Bye-Bye Jupiter」から換装可能になる。

ディジェSE-R

• 「冥府への扉」開始時、ジュドー・ルー・ビーチャ・モンド・エル・イーノ・プル・プルツーのレベル平均が25以上の場合、援軍のカミーユがリ・ガズィの代わりに乗って参入する。

隠し強化パーツ

• 「希望、それは最後のGEAR」の増援で出てくるゼロは倒しても無限に復活するが、倒し続けると4回目程度でゼロが「その熱意に敬意を表するとしましょうか」と発言して、強化パーツのハロとミノフスキークラフトが1つずつ手に入る。（コンテナや入手メッセージは出ない）所謂やりこみボーナスの類。

隠し要素をすべて満たしたいなら序盤はガンダム系パイロットだけに経験値を与え、最初の分岐は地上ルートを選んで鉄也の撃墜数をひたすら稼ぐ。その後に宇宙ルートを選んで銀河と北斗の撃墜数を稼げばいい。