問題はないと思います。そのキャラが原典作品でどういう扱いかはそのキャラの項目に記載すればいいでしょうし、大まかなストーリー等はコンパチシリーズにでも記載すれば済みます。システム面はスパロボとは一切関係無いため無くても問題ありません。