隠し要素（共通）
[[Ζガンダム]]追加武装
*第38話「星の屑、再び」で、'''Ζ搭乗の'''[[カミーユ・ビダン|カミーユ]]が[[ヤザン・ゲーブル|ヤザン]]と戦闘し、'''両者が生存する'''。
以上を満たした場合、その場でΖに「ハイパー・ビーム・サーベル」、ウェイブライダーに「突撃」が追加される。
[[ΖΖガンダム]]追加武装
*アクシズルート第36話「魂、重力に引かれて－後編－」で、'''ΖΖ搭乗の'''[[ジュドー・アーシタ|ジュドー]]が[[ハマーン・カーン|ハマーン]]と戦闘し、'''両者が生存する'''。
*第38話「星の屑、再び」で、'''ΖΖ搭乗の'''ジュドーが[[シャア・アズナブル|シャア]]と戦闘し、'''両者が生存する'''。
以上のどちらかを満たした場合、その場で「ハイ・メガ・キャノン・フルパワー」が追加される。
[[フルアーマーΖΖガンダム]]
*第33話「少年の向かう未来」で、[[トビア・アロナクス|トビア]]が[[エレゴレラ]]を撃墜する<ref>小隊攻撃や援護攻撃など、トビア機以外からのダメージで撃墜だと成立しない。</ref>。
以上を満たした場合、第43話「スーパーロボット軍団、怒りの大反撃！！」終了時に換装パーツ「フルアーマーパーツ」を入手する。
[[νガンダムHWS装備型]]
*第43話「スーパーロボット軍団、怒りの大反撃！！」終了時点で、[[νガンダム]]の武器が'''5段階以上改造されている'''。
以上を満たした場合、第43話終了時に換装パーツ「ヘビーウェポンシステム」を入手する。
[[Hi-νガンダム]]
*第38話「星の屑、再び」で、'''[[リ・ガズィ]](MS)<ref>リ・ガズィ(BWS)では成立しない。</ref>搭乗'''の[[アムロ・レイ|アムロ]]が[[シャア・アズナブル|シャア]]と戦闘する。
以上を満たした場合、第43話「スーパーロボット軍団、怒りの大反撃！！」終了時に入手する。
[[ウイングガンダム (EW版)]]
*第32話「妄執の妖花」クリア時点で、[[ヒイロ・ユイ|ヒイロ]]・[[デュオ・マックスウェル|デュオ]]・[[トロワ・バートン|トロワ]]・[[カトル・ラバーバ・ウィナー|カトル]]・[[張五飛|五飛]]の5人の'''合計レベルが170以上'''。
以上を満たした場合、第32話終了時に入手する。
[[ガンダム試作2号機]]
主人公で入手条件が異なる。
*ゼンガー：第37話「常世の舞」終了時点で、[[コウ・ウラキ|コウ]]の撃墜数が'''80機以上'''。
*クスハ：第37話「超機人の宿命」終了時点で、コウの撃墜数が'''80機以上'''。
*アラド：第37話「ツイン・バード」で、試作2号機を撃墜する(HP規定値以下で撤退)。
*アイビス：第37話「輝きを一つに」終了時点で、コウの撃墜数が'''80機以上'''。
以上を満たした場合、第43話「スーパーロボット軍団、怒りの大反撃！！」終了時に入手する。
なお、今作では「アトミックバズーカ」は換装パーツになっており、後述の条件を満たして追加で入手する必要がある。
[[スターガオガイガー]]
#第47話「大東京消滅－後編－」or「激突！ミケーネ帝国－後編－(マップ2)」で、[[ガオガイガー]]のHPが'''500以下'''になる<ref>シナリオ中に一回でも下回れば良い。</ref>。
#同話クリア時点で、'''凱の地形適応が全て「S」になっている'''。
以上を満たした場合、前者は第47話終了時に、後者は第48話「決戦への秒読み」開始前に換装パーツ「ステルスガオーII」を入手する。
HPを500以下にするのは味方の[[マップ兵器]]でもOK。
[[ピッツァ]]＆[[EI-26]]（スポット参戦）
#第46話開始前の選択肢で、「ミケーネ帝国へ向かう」を選択。
#休戦ルート第56話「機械仕掛けの世界－後編－」or拒絶ルート第51話「機界転生－後編－」で、[[獅子王凱|凱]]がピッツァを撃墜する。
以上を満たした場合、同話中で味方増援として登場する。
コストダウン
*第41話「恐怖！日本制圧作戦－前編－」で、[[ボス]]（[[ボスボロット]]搭乗）の所属する小隊が「[[ボスの小屋]]」に隣接。
以上を満たした場合、[[強化パーツ]]「コストダウン」を入手する。
[[ハマーン・カーン|ハマーン]]休戦協定関係
ハマーンとの休戦or拒絶のルート分岐はいくつかのフラグに関係しており、戦力的には休戦したほうが充実する。
「[[αシリーズ]]」としては拒絶ルートが正史。
[[ドーベン・ウルフ]]＆[[量産型キュベレイ]]
#第49話「決断」で、「ハマーンと休戦協定を結ぶ」を選択。
#上記1.を満たした時点で、[[エルピー・プル|プル]]と[[プルツー]]の撃墜数が'''それぞれ30機以上'''。
以上を満たした場合、第49話終了時にドーベン・ウルフ1機と量産型キュベレイ2機の計3機を入手する。
上記2.が不成立の場合はドーベン・ウルフのみを入手。
なお、量産型キュベレイは[[キュベレイMk-II|プル機]]・[[キュベレイMk-II (プルツー用)|プルツー機]]のMk-IIから個別に改造を引継ぐ。
[[ベルガ・ダラス]]＆[[ドレル・ロナ]]
#第38話「星の屑、再び」で、[[キンケドゥ・ナウ|キンケドゥ]]または[[ベラ・ロナ|ベラ]]がドレルと戦闘する。
#第49話「決断」で、「ハマーンと休戦協定を結ぶ」を選択。
以上を満たした場合、第49話終了時に加入する。
[[キュベレイ]]＆[[ハマーン・カーン|ハマーン]]
#第49話「決断」で、「ハマーンと休戦協定を結ぶ」を選択。
#休戦ルート第52話「決着は人間の手で」で、[[NPC]]として登場するハマーンを'''生存させた状態で'''クリアする。
以上を満たした場合、第52話終了時に加入する。
NPCの彼女とキュベレイは敵仕様なので、好き勝手にさせておいても撃墜されることはまず無い<ref>ハマーンのステータスは味方仕様よりも高く、特殊技能も強力。さらにキュベレイはHP92000に装甲1700。</ref>。
むしろ、後述の[[バーンズ・ガーンズバック|バーンズ]]加入条件を成立させる場合は、'''彼女が撃墜してしまわないように'''注意する必要がある。
[[ガンダム試作2号機]]追加武装
#前述のガンダム試作2号機入手条件を満たして入手している。
#第49話「決断」で、「ハマーンを拒絶する」を選択。
以上を満たした場合、拒絶ルート第55話終了時に換装パーツ「アトミックバズーカ」を入手する。