「全話一覧/SC2」を編集中

*全38話。攻略マップ数は65。

*1ステージの中に最大3つのマップが存在し、それを全て攻略することで次のステージに進める。
*上記の38話・65マップとは別に、一定条件を満たすとプレイ可能な隠しステージが2話（2マップ）存在する（[[隠し要素/SC2]]を参照）。

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| 第1話 || 前兆の島 || A：A3領海の小島
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| 第2話 || マジンガー強奪司令 || A：岩礁空域
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| 第3話 || 嵐を越えて || A：乱雲の中
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| 第4話 || 戦場のウェディング・ベル || A：科学要塞研究所<br />B：ダンナーベース近海
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| 第5話 || Falling Heaven || A：ユニウスセブン岩盤<br />B：衛星軌道上
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| 第6話 || オーバーロード作戦 || A：TOKYO JUPITERの外縁
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| 第7話 || 新たなる魔手 || A：太平洋上空
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| 第8話 || 赤い嵐の女王 || A：バイストン・ウェル／嵐の玉
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| 第9話 || 南アタリア島攻防戦 || A：南アタリア島近海<br />B：南アタリア島中枢部
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| 第10話 || 帰郷 || A：バイストン・ウェル／ラース・ワウ<br />B：バイストン・ウェル／カラカラ山脈
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| 第11話 || 空から来た少女 || A：コスモベース付近の宇宙空間<br />B：コスモベース内部
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| 第12話 || 夜を破りて || A：ニューホンコン・シティ<br />B：オーブの海岸
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| 第13話 || 混迷の海 || A：A3領海上-1<br />B：A3領海上-2<br />C：A3領海の小島
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| 第14話 || 遠き血族 || A：孤島の海岸線
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| 第15話 || メナージュ・ゼロの男 || A：海上コンビナート<br />B：マヤン島近海上空
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| '''第15話（隠し）''' || '''人形達の戦い''' || '''A：荒野'''
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| 第16話 || 追放者、天を履いて || A：港湾上空<br />B：市街地郊外
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| 第17話 || アキレスの踵 || A：U2エリア市街地<br />B：峡谷
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| 第18話 || 四番目の希望 || A：海峡<br />B：火山島
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| 第19話 || ただ一つのシンプルな道 || A：化学工場<br />B：市街地<br />C：ダンナーベース近郊
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| 第20話 || 救うは我ら || A：科学要塞研究所<br />B：山間地
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| 第21話 || 陥落の時 || A：南アタリア島中枢部<br />B：ムトロポリス近海
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| 第22話 || 滅びの記憶 || A：太平洋上の遺跡
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| 第23話 || 偽りの城 || A：日本中央管理局地下施設<br />B：深海の遺跡
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| 第24話 || ヨーロッパの炎 || A：市街地<br />B：峡谷
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| 第25話 || 転進する世界 || A：南アタリア島中枢部<br />B：南アタリア島近海
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| 第26話 || 巨人襲来 || A：成層圏中層<br />B：宇宙空間
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| 第27話 || 天割く閃光の下 || A：暗礁空域
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| 第28話 || 月面の楔 || A：月面<br />ダイダロス基地内部
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| 第29話 || 奪還作戦 || A：巨人艦内部<br />B：宇宙空間
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| 第30話 || 鳥の人再び || A：宇宙空間
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| 第31話 || 熱砂の争奪戦 || A：砂漠
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| '''第31話（隠し）''' || '''新たなるパートナー''' || '''A：荒野'''
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| 第32話 || Ground Zero || A：富士樹海上空<br />浮上古代都市上空
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| 第33話 || 絆 || A：地方都市
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| 第34話 || ザンゴウノヒツギ || A：採掘施設
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| 第35話 || 運命の扉 || A：月の裏側<br />B：ダイダロス基地の上空
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| 第36話 || それぞれの終章 || A：空中<br />B：岩礁空域<br />C：ニライカナイ
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| 第37話 || 愛・おぼえていますか || A：宇宙空間<br />B：ボドル旗艦内部
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| 第38話<br />'''（最終話）''' || まだ見ぬ明日の歌 || A：混沌空間
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[[Category:スーパーロボット大戦Scramble Commander the 2nd]]