「全話一覧/第2次Z再世篇」を編集中

*プロローグ3話+本編60話の全63話
*49話クリア後、一定条件で進むことが可能な隠しルートが存在。
*このラスト分岐は一般的にそれぞれ「ゼロ・レクイエムルート」「黒の騎士団ルート」と呼ばれている（この呼び名は攻略本が発売した事で判明したため、それまでは「通常（または原作再現）ルート」「ifルート」と呼ばれているが、あくまでもコードギアスを基準としたものである）。

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| プロローグA || ブラックリベリオン
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| プロローグB || ガンダム殲滅指令
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| プロローグC || 世界最後の日
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| 第1話 || ファイティング・ガール
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| 第2話 || 逃亡者
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| 第3話 || 太陽の使者・鉄人28号
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! 選択分岐 !! 地球でクラッシャー隊に参加する<br />（日本ルート） !! 宇宙でS.M.S.に参加する<br />（宇宙ルート） !! ガンダムと中東へ行く<br />（中東ルート） !! 黒の騎士団とクメンへ行く<br />（クメンルート）
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| 第4話 || 竹尾ゼネラルカンパニー奮戦記 || セカンド・カミング || 迷える戦士達 || アッセンブルEX-10
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| 第5話 || 後方2課の憂鬱 || トゥインクル・スター || OZとアロウズ || 渦中
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| 第6話 || 登場！　ドイツの鬼伯爵！ || 忍び寄る驚異 || 彷徨う天使達 || 介入
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| 第7話 || 対決！悲しみの青きドナウ！ || 次元歪曲注意機 || 反逆の翼 || 暗転
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| 第8話 || colspan="2" | 嵐の予兆 || colspan="2" | ツインドライヴ
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| 第9話 || colspan="2" | ぼくらはみんな生きている || colspan="2" | 魔神が目覚める日
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| 第10話 || colspan="2" | 平穏との別離 || colspan="2" | もう一人のロックオン
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| 第11話 || colspan="2" | 扉の向こうから || colspan="2" | アレルヤ奪還作戦
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| 第12話 || colspan="2" | 悪意と嘘を越えて || colspan="2" | 百万のキセキ
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| 第13話 || colspan="2" | 時空振動、再び || colspan="2" | 戦雲の扉
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| 第14話 || colspan="2" | 動き出す世界 || colspan="2" | 与えられた力
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| 第15話 || マン・アズ・ビフォー
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| 第16話 || 次元の心央
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| 第17話 || 朱禁城の花嫁
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| 第18話 || アッシュフォード・ラプソディ
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| 第19話 || それぞれの戦場
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| 第20話 || 白と黒と
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! 選択分岐 !! 暗黒大陸へ向かう<br />（暗黒大陸ルート） !! 宇宙に上がる<br />（宇宙ルート）
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| 第21話 || 時の流れに || 伝説の歌声
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| 第22話 || 出撃！！新たなる戦士たち！！ || ランカ・アタック
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| 第23話 || あなたは何もわかっていない || 悲しみのカトル
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| 第24話 || あなたはもう必要ないのです || ゼロと呼ばれたG
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| 第25話 || 終わらない約束
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| 第26話 || 冥府への転落
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| 第27話 || ゼロVSゼロ
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| 第28話 || 暗黒よりの使者
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| 第29話 || 戦士達の叫び
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| 第30話 || 一点突破
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| 第31話 || ジ・アンブレイカブル
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! 選択分岐 !! 陽動舞台に参加するために地上に残る<br />（地上ルート） !! 衛星兵器を破壊するために宇宙に上がる<br />（宇宙ルート）
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| 第32話 || 奪われた鉄人 || メメントモリ攻略戦
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| 第33話 || ブラック・アヴェンジャー || 散りゆく光の中で
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| 第34話 || 亡者再臨 || 白き牙
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| 第35話 || 昨日への決別 || 明日へのあがき
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| 第36話 || 加速する世界
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| 第37話 || 銀河をステージに
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! 選択分岐 !! 本隊と共に暗黒大陸に向かう<br />（暗黒大陸ルート） !! 黒の騎士団と共にエリア11に向かう<br />（エリア11ルート）
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| 第38話 || 告げられる絶望 || 過去からの刺客
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| 第39話 || 禁断の継承者
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| 第40話 || 歌え、誰かのために
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! 選択分岐 !! 日本へ向かう<br />（日本ルート） !! フロンティア船団に向かう<br />（フロンティア船団ルート）
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| 第41話 || 遺恨！　くろがね屋の一番長い日！ || トライアングラー
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| 第42話 || 父ちゃんから受け継いだもの || 異能者
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| 第43話 || 闇を断つ牙 || 修羅
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| 第44話 || 降臨！！終末を呼ぶ邪神！
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| 第45話 || 次元力
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| 第46話 || 失われし聖王国
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| 第47話 || 死線！総攻撃Dr.ヘル！
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| 第48話 || ゴッドブレス・ユニバース
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| 第49話 || ゼロとルルーシュ
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! 条件により分岐 !! ゼロを信じないorフラグ未成立<br />（ゼロ・レクイエムルート） !! ゼロを信じてみる<br />（黒の騎士団ルート）
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| 第50話 || 皇帝失格 || 超合集国決議第壱号
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| 第51話 || シュナイゼルの仮面 || 戦乱の王ピースクラフト
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| 第52話 || 混迷の戦場 || 決死のエンドゲーム
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| 第53話 || 墜ちてくる月 || 最後の勝利者
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| 第54話 || 絶望の世界 || 決戦！！果てなき進化へ！
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| 第55話 || アナタノオト || 復活の暗黒神
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| 第56話 || BEYOND || 奈落への螺旋
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| 第57話 || ゼロ・レクイエム || ネクスト・フロンティア
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| 第58話 || 閃光！！進化の果て！ || 革新
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| 第59話 || 最後の聖王 || 大逆のインサラウム
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| 第60話（最終話） || 再世の未来 || 再世する次元
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