隠し要素/第3次α

• 本作の隠し要素はほとんどが撃墜数条件による。最も一般的な「撃墜数○○機以上」という条件のほか「撃墜数の末尾が○」という珍しいタイプの条件もある。
• 第52話クリア後に条件を満たしている場合は入手、というタイミングのものが多いが、それらの大半は第44話クリア後の第4分岐で宇宙ルートを通過している場合入手チャンスが1回増える（宇宙ルート第45話クリア後）。初号機換装パーツ入手フラグが立つこともあり、基本的には宇宙ルートが有利。撃墜数達成に自信があるならギジェ狙いで他星系ルートにいくのもよい。
• 本作には通常の最終話の他、ハード最終話、イデオン最終話、そして全話攻略後にプレイ可能なスペシャルステージなど、隠しステージが比較的多く存在する。

隠し要素一般

ガンダム試作2号機

第36話「激突！勇者vs勇者！」クリア時に、バニング、ベイト、モンシア、アデルの撃墜数の合計が100機以上なら入手。

アトミックバズーカ

1. ガンダム試作2号機を入手している場合
   第53話「出航！銀河殴り込み艦隊」開始前に、上記四人の撃墜数の合計が150機以上の場合、換装パーツ「アトミックバズーカ」を入手。
2. ガンダム試作2号機を入手していない場合
   同じタイミングで、上記四人の撃墜数の合計が185機以上の場合、試作2号機とアトミックバズーカをまとめて入手できる。

0083系隠しユニット三択

1. 第4分岐で宇宙ルートの場合、第45話「忍び寄る終焉」クリア時
   
2. 第53話「出航！銀河殴り込み艦隊」開始時
   

上記のタイミングにおいて、コウとキースの撃墜数の関係により、下記の機体を入手可能。

撃墜数が多いパイロット	差	入手機体
コウ	40機以上	ノイエ・ジール
コウ	6機～39機	なし
コウ	0機（両人同数）～5機	ガーベラ・テトラ
キース	0機（両人同数）～5機
キース	6機～19機	なし
キース	20機以上	ヴァル・ヴァロ

なお、第45話で条件を満たした場合、第53話で別の機体を入手することはできない。

図鑑コンプリートのためには、全機を一度は入手する必要がある。

ΖΖ系隠しユニット三択

1.、2.…上記の0083系三択と同様 上記のタイミングにおいて、プルとプルツーの撃墜数合計の末尾数により、下記の機体を入手可能。

撃墜数合計の末尾	入手機体
末尾が0	キュベレイ
末尾が5	クィン・マンサ
末尾が7	量産型キュベレイ（2機）

上記同様、第45話で条件を満たした場合、第53話で別の機体を入手することはできない。

図鑑コンプリートのためには、全機を一度は入手する必要がある。

ΖΖ系隠しユニット二択

1.、2.…上記0083系三択と同様 上記のタイミングにおいて、ビーチャとモンドの撃墜数合計の末尾数により、下記の機体を入手可能。

撃墜数合計の末尾	入手機体
末尾が0	ドーベン・ウルフ
末尾が5	ゲーマルク

上記同様、第45話で条件を満たした場合、第53話でもう一方を入手することはできない。

図鑑コンプリートのためには、ゲーマルクを入手する必要がある。

Hi-νガンダム

第52話「世界の中心でアイを叫んだけもの」クリア時に、アムロとブライトの撃墜数合計が120機以上の場合、第53話開始時に入手。

サザビー

第52話「世界の中心でアイを叫んだけもの」クリア時に、アムロとカミーユの撃墜数がいずれも50機以上の場合、第53話開始時に入手。

ストライクルージュI.W.S.P.

1. 第2分岐で地上部隊（アラスカ行）を選択。
2. アラスカ第30話「終わらない閃光」開始時にカガリの撃墜数が30機以上。
3. 2. の後、ムウでディアッカを撃墜。
4. 3. の後、ニコル死亡イベント後にキラでアスランを撃墜。

以上の条件を満たした上で、

1. 第4分岐で宇宙ルートの場合、第45話「忍び寄る終焉」クリア時
2. 第53話「出航！銀河殴り込み艦隊」開始時

のいずれかにおいて、カガリ、アサギ、マユラ、ジュリの撃墜数の合計が100機以上の場合、I.W.S.P.（ストライクルージュの換装パーツ）を入手。

デストロイド・モンスター

1. 第2分岐で外宇宙部隊を選択している場合、外宇宙第31話「禁断の惑星」で、7ターン以内にゲペルニッチ艦のHPを50000以下にすれば、クリア後に入手。
2. 上記の条件を満たしていない場合、第53話「出航！銀河殴り込み艦隊」開始時に輝・フォッカー・柿崎の撃墜数合計が100機以上なら入手。

EVA初号機 (F型装備)

1. 第36話「激突！勇者vs勇者！」で、シンジがラミエルを撃墜する。
2. 宇宙第45話「忍び寄る終焉」で、シンジがアルミサエルを撃墜する。
3. 第52話「世界の中心でアイを叫んだけもの」前半で、シンジがゼルエルを撃墜する。
4. 3. の時点で、シンジ、アスカ、レイの撃墜数の合計が150機以上。
5. 第52話「世界の中心でアイを叫んだけもの」後半で、シンジがEVA初号機（敵）を撃墜する。
6. 5. の時点で、シンジ、アスカ、カヲル（＝直前で離脱するレイの撃墜数を引き継ぐ）の撃墜数の合計が250機以上。

以上の条件のうち、1～5を満たすか、1、3、5、6を満たせば、第53話開始時に入手できる。後者の条件なら第4分岐でルートが固定化されることはないが、6の撃墜数条件は相当厳しいため、1～5を満たす方が現実的ではある。

デュエルガンダム＆イザーク

1. 第1分岐で地球降下ルートを選択。
2. 地球降下第19話「宇宙に降る星」で、イザークを撃墜（7PPで強制クリア）。
3. アラスカ第31話「青き清浄なる世界のために」でイザークを撃墜しない、またはアラスカルートを通らない。
4. 第51話「終わらない明日へ」前半で、核ミサイルを全て撃墜。
5. 4. の後、ディアッカとイザークが戦闘する。以上の条件を満たすと、イザークがその場では味方になる。
6. 5. を満たし、かつディアッカの撃墜数が50機以上なら、後半マップでイザークが増援として出現。クリア時まで生存していれば仲間になる。

ラゴゥ

1. 第1分岐で地球降下ルートを選択
2. 地球降下第21話「プリティ・デビル」で、バルトフェルドとダコスタが合計で10機以上敵機を撃墜し、かつ生存する。
3. 地球降下第22話「砂塵の果て」で、SEEDが発動した状態のキラでバルトフェルドを撃墜する。

以上の条件を満たすと、ルート毎に以下のタイミングで入手できる。

ルート	入手タイミング
地上ルート	第47話「神になろうとした男」クリア時
宇宙ルート	第45話「忍び寄る終焉」クリア時
バロータルート	第48話「銀河に死す」クリア時
ボアザンルート

ブラックゲッター

第36話「激突！勇者vs勇者！」クリア時に、ミチルの撃墜数が20機以上なら入手。

VF-1J・SバルキリーF

1. 第1分岐で地球降下ルートを選択
2. 地球降下第21話「プリティ・デビル」クリア時にミリアの撃墜数が30機以上、かつ生存している場合、クリア時に入手。

VF-19 エクスカリバー

ルート毎にそれぞれ以下の条件が設定されている。条件を満たした場合、Sを1機、Fを2機、計3機を入手する。

ルート	入手条件
地上ルート	第48話「失われたものたちへの鎮魂歌」クリア時、マックスの撃墜数が60機以上
宇宙ルート
ボアザンルート	第47話「因果の海」クリア時、マックスの撃墜数が60機以上
バロータルート	第46話「野望の惑星」において、マックスが敵機を15機以上撃墜する

FBz-99G ザウバーゲラン＆ガビル

1. 第2分岐で外宇宙ルートを選択し、外宇宙第30話「ロスト・ディーヴァ」外宇宙第31話「禁断の惑星」外宇宙第32話「インフィニティ・ソウル」の全てでガムリンがガビルを撃墜。更に第49話「銀河に響く歌声」前半クリア時にガムリンの撃墜数が50機以上。
2. 第49話「銀河に響く歌声」前半で、ガムリンがガビグラを撃墜。

1. か2. を満たした上で、第49話「銀河に響く歌声」後半で、ガビルを生存させたままゲペルニッチのHPを80%以下にすると、クリア後に仲間になる。

1. の条件は複雑極まりないので、2を満たすように考えておけばOK。

キングジェイダー強化

第42話「超勇者黙示録」前半で、Jがピア・デケム（ピット、ピークのどちらでも）を撃墜する。

直後にイベント発生。サブパイロットとしてルネが登録され、同時に光竜と闇竜の武装から「ルネ援護攻撃」が消滅する（さらにキングジェイダーへの変形解禁）。
ピーク撃破時にイベント発生。キングジェイダーに武装「ジェイフェニックス」が追加される。

ガンガ・ルブ＆ギジェ

1. 第41話「銀河が消滅する日」の選択肢で「応戦する」を選ぶ。
2. 第4分岐でバロータかボアザンルートを選ぶ。
3. バロータ/ボアザン第48話「銀河に死す」クリア時に、イデオンのイデゲージが第5段階（イデオンガン発射可能状態）になっている。
4. 第5分岐でバッフクランルートを選ぶ。

以上を満たすと、バッフクラン第57話「憎しみの輪の中で」の後編マップで、増援として出現、仲間になる。

ミンメイのディスク

1. 第4分岐で地上ルートを選ぶ。
2. 地上第46話「さらば父よ、戦士達の旅立ち」において、ボスの所属する小隊が地形「ボスの家」上に移動するとイベント発生。強化パーツ「ミンメイのディスク」を入手する。

ちなみにこのディスク、ボスがバルマー戦役時代にミンメイ本人から貰った直筆サイン入りの逸品だとか。ただし効果は普通の強化パーツと同じ。

タイミング変化

下記の機体については、撃墜数条件により入手タイミングが変わるが、いずれの場合でも入手はできる。

ΖΖフルアーマーパーツ

• 宇宙ルート第45話「忍び寄る終焉」クリア時、ジュドー、ビーチャ、エル、イーノ、モンドの撃墜数の合計が115以上なら、ΖΖの換装パーツを入手
• 上記の入手を行っていない場合、第53話「出航！銀河殴り込み艦隊」開始時に必ず入手

ヘビーウェポンシステム

• 第37話「果て無き旅路の始まり」開始時にアムロの撃墜数が60機以上の場合、νの換装パーツを入手
• 上記の入手を行っていない場合、以下のタイミングで必ず入手。

ルート	入手タイミング
地上ルート	第47話「神になろうとした男」クリア時
宇宙ルート	第45話「忍び寄る終焉」クリア時
バロータルート	第48話「銀河に死す」クリア時
ボアザンルート

隠しステージ

ハード最終話

第59話クリア時に熟練度57以上、420ターン以内の場合、ハード最終話「今遙か遠い彼方…」へ進む。

このルートは「トップをねらえ！」の原作再現ステージ。また、成人イルイ、ナシム・ガンエデンはここでしか登場しない。

イデオン最終話

2周目以降の場合、第56話「終わりなき総力戦」において選択肢が出現。「戦いを選ぶ」を選択する。

すると次面がイデオン最終話「銀河に君と」となる。メシアはこのルートでしか登場しない。

通常最終話

以上の条件を満たさなかった場合、通常最終話「終焉の銀河」へ進む。このステージは「第3次α」の最終話である。尚、フィリオ・プレスティは、セレーナ（リアル女主人公）でプレイし通常最終話に進んだ場合のみ出現する。

スペシャルステージ

主人公毎の分岐ステージ、全ての分岐ルート、及び上記3種類の最終話を含む全話を通過し、オプションのフローチャートが全て開いた状態にする。すると、特殊サブステージである「スペシャルステージ」がフローチャートに出現し、遊ぶことができる。

4人の主人公を含むオリジナル味方キャラが一堂に会する機会は、ゲーム中でもここだけ。