隠し要素/α外伝
- 本作ではシリーズで初めて熟練度による難易度変更が採用された（本作では難・普・易の三段階）。この難易度により入手できる内容が変わるものが多い。
- 特定のルートを選択することが要求されるものはαほどは多くないが、「ガンダムX系のルート」「∀ガンダム系のルート」「ザブングル系のルート」の通過で入手出来るものがそれぞれ存在する。ルートの関係上これらの同時入手は出来ない。
- 一部のステージにはマウンテンサイクルが存在し、様々な強化パーツや隠し機体が埋没している。
- 本作で初採用されたバザーでは、強化パーツや機体が売出来る。一部のステージでは、バザーでの購入でしか入手出来ない機体も出品されている。
分岐表
| 共通 |
|---|
| － |
↓
| リーンホース隊（月へ） | アーガマ隊（極東支部へ） |
|---|---|
| アルトロンガンダムカスタム & 五飛 1/2 | － |
↓
| 共通 |
|---|
| アルトロンガンダムカスタム & 五飛 2/2 量産ゲシュペンストII or 量産ヒュッケバインII or 量産グルンガスト弐式 YF21 & ガルド キュベレイ or キュベレイMk-II 1/2 |
↓
| フォートセバーンへ直行しない（∀） | フォートセバーンへ直行する(GX) |
|---|---|
| コレン専用カプル & コレン 1/2 ギャバン専用ボルジャーノン |
Gビット追加 & ティファ 1/4 ジェニス改エニルカスタム 1/3 |
↓
| フォートセバーンへ行く | ビシニティに残る |
|---|---|
| Gビット追加 & ティファ 2/4 | － |
↓
| 共通 |
|---|
| Gビット追加 & ティファ 3/4 ジェニス改エニルカスタム 2/3 |
↓
| 熟練度14以下 | 熟練度15以上 |
|---|---|
| ブラッカリィ & エルチ 1/3 | ブラッカリィ & エルチ 1/3 カプリコ & トロン |
↓
| 共通 |
|---|
| ブラッカリィ & エルチ 2/3 Hi-νガンダム or HWS キュベレイ or キュベレイMk-II 2/2 |
↓
| 月へ向かう（宇宙） | Xポイントへ向かう（地上） |
|---|---|
| Gビット追加 & ティファ 4/4 ジェニス改エニルカスタム 3/3 コレン専用カプル & コレン 2/2 マジンガーZ強化 真ゲッター or ゲッターG強化 |
ブラッカリィ & エルチ 3/3 マジンガーZ強化 真ゲッター or ゲッターG強化 |
↓
| 共通 |
|---|
| Zガンダム強化 |
↓
| 熟練度11以下 | 熟練度12以上 | |
|---|---|---|
| － | － | |
| － | 熟練度32以下 | 熟練度33以上 |
| － | － | スレードゲルミル ＆ ゼンガー |
隠し要素一般
アルトロンガンダムカスタム＆張五飛
月ルートを通り条件を全て満たすことで、五飛とアルトロンが僅かに早く加入する。
（1）月ルート第4話「13番目の星座」にて、ヒイロが五飛と2回戦闘する。
（2）月ルート第5話「月のゆりかご」にて、ヒイロが五飛と1回戦闘する。
（3）第7話「終わらない輪舞曲」にて、ヒイロが五飛を2回説得する。J9に依頼する・J9に依頼しないのどちらの選択肢でも同様。
以上を満たすと、その場で味方になる。条件を全て満たしていない場合は7話クリア後に加入する。
DVE付きで原作を再現する演出重視の隠し要素。五飛は常にヒイロを狙ってくるので、ヒイロの撃墜さえ防げば達成は簡単。
YF-21＆ガルド・ゴア・ボーマン
第9話「愚者の祭典」（前編）にて、ガルドと2回戦闘して両者が生存した次のEP、もしくは4EPをむかえると、イベント後ガルドはその場で仲間になり、後半にも出撃可能となる。
なお、このイベントの際にイサムは再出撃扱いになるため、ステータスは全て初期値に戻る。また、この翌々PPにガルドの気力が150に上昇する。
上記の五飛と同様、DVE付きで原作を再現する演出重視の隠し要素。イベントを発生させていない場合は第9話終了時に加入となるが、直後に部隊が解散するため使用できるのは第23話「Lorelaiの海」からとなる。
ガンダムX・ガンダムDX追加武装「Gビット」＆ティファ・アディール
X系のルートを通り条件を全て満たすことで、GXとDXに武装追加と、ガロードの専属サブパイロットとしてティファが加入する。
（1）GX第15話「あなたに、力を…」にて、3EPまでにガロードが敵を6機以上撃墜する。
（2）GX第19話「共鳴する力」（後編）にて、ガロードがベルティゴ（カリス）を撃墜する。
（3）第23話「Loreleiの海」にて、勝利条件を達成させずに4PPを迎えてイベントを発生させる。
（4）宇宙第32話「飛べ、宇宙へ」にて、ガロードがエニルを説得する。
以上を満たすと、第36話クリア後にそれぞれ追加される。
なお、ティファの加入によってガロードもビット系武器が使用可能になるが、ニュータイプ(X)の命中回避補正は付かない。
ジェニス改 エニルカスタム
X系のルートを通り条件を全て満たすことで、エニル加入と同時に専用のジェニスも入手する。
（1）GX第16話「ガンダム、売るよ」にて、ガロードがエニルと戦闘する。
（2）同話にて、ガロードがエニルを撃墜する。
（3）第22話「謎のランドシップ」にて、ガロードがエニルと戦闘する。
（4）宇宙第32話「飛べ、宇宙へ」にて、ガロードがエニルを説得する。
以上を満たすと、その場で仲間になる。条件を全て満たしていない場合は第32話終了時に、地上ルート選択時は合流の際にエニルのみの加入となる。
コレン専用カプル＆コレン・ナンダー
∀系のルートを通り条件を全て満たすことで、コレン加入と同時に専用のカプルも入手する。
（1）∀第17話「白い悪魔」（後編）にて、∀ガンダム（パイロットは熟練度によって変化）がコレンと戦闘する。
（2）同話にて、アイアン・ギアーがコレンを説得する。
（3）宇宙第32話「飛べ、宇宙へ」にて、ロラン搭乗の∀ガンダムがコレンと戦闘し、両者が生存する。
以上を満たすと、コレンの撤退イベントが発生。その後、第37話「僕らが求めた戦争だ」にて増援として登場し、加入する。
ブラッカリィ＆エルチ・カーゴWMパイロット化
ザブングル系のルートを通り条件を全て満たすことで、WMパイロットとしてのエルチ加入と同時にブラッカリィを入手する。
（1）高熟練度第29話「女いろいろ万華鏡」または低熟練度第29話「女の心をあやつれば」にて、ジロンがエルチを2回説得する。
（2）第30話「イノセントを統べる者」（前編）にて、ジロンがエルチを説得する。強攻策・奇襲策どちらでも同じ。
（3）地上第33話「エルチ、目覚めよ」にて、ジロンがエルチを説得する。
以上を満たすと、第39話「決戦！Xポイント」クリア後に加入する。条件を満たしていない場合はブラッカリィの入手は無く、エルチはアイアン・ギアーのサブパイロットとして加入する。
カプリコ（黄）＆トロン・ミラン
高熟練度第28話「イノセントの黒歴史」にてジロンのパンチだけで撃墜するか、3PPに味方NPCとなったトロンを最後まで生存させると仲間になる。なお、NPCとなる際にHPは全快する。
トロンはPPでは防御か回避、EPでは攻撃をしてこないため、ウォーカー・ギャリアの武器改造と熱血を使わないと撃墜は難しい。NPCとなった後は一転して積極的に攻めていくが、機体性能が低く意外と落とされやすい。
また、このカプリコは敵仕様のため、バザー流通品とは武器性能が異なる。
ギャバン専用ボルジャーノン
∀第17話「白い悪魔」（前編）にてギャバンを撃墜せずにHPを20%以下にすると、ボルジャーノン (ギャバン機)に搭乗したまま加入する。
撃墜した場合、∀ルートを通らなかった場合は搭乗機が通常のボルジャーノンに変更される。
Zガンダム（強化版）
第39話「決戦！Xポイント」にて、カミーユ搭乗のZガンダムが出撃している状態でロザミィのHPを50%以下にすると、イベント後に強化される。
このイベントを発生させるとロザミィは死亡するが、後の作品『第3次α』で彼女は生存しているので、物語的には発生させないほうが正しいと言える。
一部のバージョンではウェイブライダー形態でイベント発生条件を満たすとフリーズするため注意。
リュウセイの乗機変化
第8話で合流するリュウセイの機体は、その時点の難易度で変化する。
- 難易度『難』（熟練度6以上）：量産型ゲシュペンストMk-II
- 難易度『普』（熟練度2～5）：量産型ヒュッケバインMk-II
- 難易度『易』（熟練度0～1）：量産型グルンガスト弐式
上記のうち、グルンガスト弐式、変形後の量産型Gホークだけは、この方法で手に入れておかないと図鑑に載せることが出来ない。
Hi-νガンダム or ヘビーウェポンシステム
第30話「イノセントを統べる者」（後編）にて、4箇所ある色の違う床のうち、入り口から2番目に近い色の違う床に入ると入手する。
熟練度25以上ならHi-νガンダム、熟練度24以下ならヘビーウェポンシステム（νガンダム用の換装パーツ）となる。
キュベレイ or キュベレイMk-II (プルツー用)
第30話「イノセントを統べる者」クリア後にプルツーが加入する際、過去の説得の状況で搭乗機が変化する。なお、第30話の説得は強攻策・奇襲策どちらでも同じ。
（1）第9話「愚者の祭典」にて、ジュドーとプルの二人がプルツーを説得する。
（2）（1）を満たした状態で第30話「イノセントを統べる者」（前編）にて、ジュドーがプルツーを説得すると、クリア後キュベレイを入手。
（3）（1）を満たしていない状態で第30話「イノセントを統べる者」（前編）にて、ジュドーかプルがプルツーを説得すると、クリア後キュベレイMk-II(プルツー用)を入手。
第30話での説得をしていない場合は搭乗機無しの状態で加入となる。
マジンガーZ（強化版）
宇宙・地上共に第36話にて条件を満たすことで、クリア後にマジンガーZが強化される。
宇宙第36話「奪われた真・ゲッターロボ」（後編）にて、マジンガーZが撃墜される前に鉄也で隣接する。
地上第36話「真・ゲッターロボ対マジンカイザー」（前編）にて、マジンカイザー（ゴーゴン）のHPを規定値以下（難易度によって変化）にしてからマジンガーZを隣接させる。
宇宙ルートでは甲児は気力50で操作不能の状態で敵に囲まれているため、強化型を入手するのなら急いで救出する必要がある。
真・ゲッターロボ or ゲッターロボG（強化版）
宇宙第36話「奪われた真・ゲッターロボ」（後編)または地上第36話「真・ゲッターロボ対マジンカイザー」（後編）にて、真・ゲッター1（バット）を撃墜するか否かでゲッターチームの搭乗機が変化する。
真・ゲッター1（バット）を撃墜せずにHPを規定値以下（難易度によって変化）にすると、クリア後にゲッターチームの搭乗機が真・ゲッターに変更される。
真・ゲッター1（バット）を撃墜すると、クリア後にゲッターロボGが強化される。
スレードゲルミル＆ゼンガー・ゾンボルト
難易度『難』ルート43話「人類死すべし」前半クリア後、後半開始前に加入する。
なお、第40話「ABAYO」にてゼンガーを撃墜していた場合はHP10%以下で撤退となる。
このルートに行くには、第41話「黒歴史の終焉」クリア時点で熟練度が33以上必要。
マウンテンサイクル関係
本作には一部のマップにマウンテンサイクルが存在し、特定のマスに入ると強化パーツや隠し機体が入手できる。序盤は地形「山」の上に洞穴が開いている、という分かり易いグラフィックになっているが、後半では地形的なヒントの無い、所謂「隠しマウンテンサイクル」も存在する。
下記のうち、太字はマウンテンサイクルでのみ登場する（＝拾って出撃させないと図鑑に載らない）隠し機体である。なお、これについてはルート分岐する場合でも、どちらのルートでも入手出来る様になっている。
| 難 | 普 | 易 | |
|---|---|---|---|
| ∀第14話 「招かれざる客」 |
チョバムアーマー ドンキーのパン マグネットコーティング | ||
| ∀第15話 「ディアナ降臨」 |
ソーラーパネル 対ビームコーティング | ||
| ∀第17話 「白い悪魔」（後編） |
カートリッジ VRメット | ||
| GX第17話 「月の民」 |
カートリッジ | ||
| フォートセバーン第20話 「過去からの侵略」 |
テム＝レイの回路 | ||
| ガンイージ | ガンブラスター | サザビー | |
| ジム・クゥエル | Vガンダムヘキサ | ZII | |
| ビシニティ第18話 「機械の獣たち」 |
プロペラントタンク | ||
| ビシニティ第19話 「百年の恋」 |
ホバークラフト 大型ジェネレーター | ||
| ビシニティ第20話 「黒歴史の遺産」 |
ガンイージ | ガンブラスター | サザビー |
| ジム・クゥエル | Vガンダムヘキサ | ZII | |
| 第22話 「謎のランドシップ」 |
VF-11 | アーマードバルキリー | フルアーマーZZパーツ （換装パーツ） |
| 高熟練度第26話 「果てしなき大空に誓う」 （後編マップ） |
ソーラーパネル | 大型ジェネレーター | × |
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・山地の灯り近辺。 | |||
| 宇宙第36話 「奪われた真・ゲッターロボ」 （後編マップ） |
デストロイド・モンスター | ミノフスキークラフト | ハロ |
| ジ・O | ノイエ・ジール | ガンダム試作2号機 | |
| 地上第32話 「姿なき恐竜空爆隊」 |
ソーラーパネル | ||
| 地上第34話 「この星は僕らのものだ」 |
大型ジェネレータ－ バイオセンサー | ||
| 地上第36話 「真・ゲッターロボ対マジンカイザー」 （後編マップ） |
デストロイド・モンスター | ミノフスキークラフト | ハロ |
| ジ・O | ノイエ・ジール | ガンダム試作2号機 | |
| 第37話 「僕らが求めた戦争だ」 |
ハロ | ナノマシンユニット | ビルドアップパーツ |
| 高性能照準器 | ミノフスキークラフト | メガジェネレーター | |
| 第38話 「月光蝶」 （後編マップ） |
ミンメイ人形 | 精神エナジー装置 | 超高性能スラスター |
| ミノフスキークラフト | ミノフスキードライブ | 特殊強化装甲 | |
| ※隠しマウンテンサイクル。マップ南西・山の洞穴の反対側あたり。 | |||
| 第39話 「決戦！Xポイント」 |
テム＝レイの回路 | ハロ | 勇者の印 |
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北東・山中。 | |||
| イージー第42話 「歪んだ未来」 |
鋼の魂 | ||
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・山中 | |||
| ハード・ノーマル第41話 「黒歴史の終焉」 |
HPHGCP 大型ジェネレーター |
||
| ノーマル第42話 「地球の後継者」 |
勇者の印 | ||
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・山中 |
|||
| ハード第42話 「竜が滅ぶ日」 |
ハロ | ||
| ※隠しマウンテンサイクル。 マップ北西・森林 | |||
バザー関係
前述の通り、バザーでは強化パーツや機体の売買が行える。出品されている機体は敵として登場するモビルスーツ・ウォーカーマシンが主だが、一部の機体はバザーで購入することでしか登場しない（＝購入して出撃させないと図鑑に載らない）。また、いずれかのパラメータ（HP・EN・装甲・運動性・限界反応）をフル改造した機体を売却すると、店主が対応する強化パーツを、複数箇所であれば更に特別なパーツをくれる。
詳細については『バザー詳細/α外伝』を参照。
バザー限定で登場する機体
- リック・ディアス（黒） 価格：750BS
- GX第17話「月の民」∀第17話「白い悪魔」クリア後
- フォートセバーン第18話「僕がニュータイプだ」ビシニティ第18話「機械の獣たち」クリア後
- 第24話「大地の守護神」クリア後
- 高熟練度第29話「女いろいろ万華鏡」低熟練度第29話「女の心をあやつれば」クリア後
- ゲルググ・M 価格：650BS
- GX第17話「月の民」∀第17話「白い悪魔」クリア後
- フォートセバーン第20話「過去からの侵略」ビシニティ第20話「黒歴史の遺産」クリア後
- 第24話「大地の守護神」クリア後
- 高熟練度第26話「果てしなき大空に誓う」低熟練度第26話「破れかぶれのラグ」クリア後
- ヴァル・ヴァロ 価格：1500BS
- 宇宙第34話「時を越えた対決」クリア後
- ガーベラ・テトラ 価格：1600BS
- 宇宙第35話「私はD.O.M.E.…黒歴史を封印するもの」クリア後
※以下の2機はマウンテンサイクルで拾うことも可能。
- ガンイージ 価格：750BS
- GX第17話「月の民」∀第17話「白い悪魔」クリア後
- フォートセバーン第19話「共鳴する力」ビシニティ第19話「百年の恋」クリア後
- 第24話「大地の守護神」クリア後
- 高熟練度第29話「女いろいろ万華鏡」低熟練度第29話「女の心をあやつれば」クリア後
- ガンブラスター 価格：800BS
- フォートセバーン第19話「共鳴する力」ビシニティ第19話「百年の恋」クリア後
- 第22話「謎のランドシップ」
- 第25話「もう逢えない気がして」
- 第31話「天地を灼く剣」