隠し要素/OGs
分岐表
隠し要素/OG1
- リュウセイ編とキョウスケ編で入手できる隠し要素は若干異なるが、大筋では同じ。
- 入手条件のうちレベルがトリガーになっているものは修理・補給で調整が可能。撃墜数条件は比較的厳しめのものが多いので、計画的に稼いでいく必要がある。
共通
ガーリオン
第24話「リューネ、そしてヴァルシオーネ」において、ライまたはタスクでレオナを撃墜する。
クリア後、ガーリオンを入手。なお、レオナは条件の如何に関わらず必ず仲間になる。
ヴァルシオン改
第28話「十字軍が消える日」において、シャインの搭乗するヴァルシオン改のHPを5ターン以内に規定値以下にする（シャインは3EPにマップ中央に登場するので、予め移動しておくと良い）。
条件を満たせばクリア後に入手できる。
リュウセイルート
シシオウブレード
第26話「その男の真意」クリアまでに熟練度23以上、リュウセイの撃墜数を50以上にすると、クリア後に入手できる。
ヒュッケバイン008L
第29話「ジュネーブ壊滅」クリアまでにイングラムのLv32以上、かつ撃墜数を20以上にする。Lvは後から修理・補給で調整可能なので、撃墜数条件だけ早めに満たすよう注意する。
条件を満たしていれば、リュウセイ第37話「黒い悪魔」において味方増援で出現するリンの乗機がヒュッケバイン008Lに変化。そのまま入手できる（リンは加入しないので注意）。
ゲシュペンストMk-II・タイプS
第30話「裏切りの銃口」において、R-GUNを撃墜する（HP17500以下で撤退なので、ツインユニットの魂攻撃等を温存しておく）。
条件を満たしていれば、リュウセイ第40話「インセクトケージ」において味方増援で出現するヴィレッタの乗機がゲシュペンストMk-II・タイプSに変化。そのまま入手できる。
グラビトン・ランチャー
第31話「仮面の下にある顔は」クリアまでに熟練度29以上、キョウスケの撃墜数を55以上にすると、クリア後に入手できる。
リュウセイ編ではキョウスケの加入が遅いので、加入後は意識して彼の撃墜数を稼ぐ必要あり。
勇者の印
リュウセイ第34話「鋼の巨神」クリアまでに熟練度27以上、ダイテツのLvを35以上にすると、クリア後に入手できる。Lvは修理・補給で調整可能なので、不足しているなら同話クリア前に調整を。
鋼の魂
リュウセイ第37話「黒い幽霊」クリアまでに熟練度30以上、レフィーナのLvを38以上にすると、クリア後に入手できる。
キョウスケルート
ゲシュペンスト・タイプR
キョウスケ第20話「プライベート・アイズ」クリアまでにギリアムのLvを23以上にする。
条件を満たしていれば、第31話「仮面の下にある顔は」において味方増援で出現するギリアムの乗機がゲシュペンスト・タイプRに変化。そのまま入手できる。
ヒュッケバイン008L
キョウスケ第20話「プライベート・アイズ」クリアまでにヴィレッタのLvを23以上にする。条件を満たすステージが上記と同様なので、ギリアムとあわせてレベル調整の必要がある。修理・補給装置の使い回しは計画的に。
条件を満たしていれば、キョウスケ第37話「遠い故郷」において味方増援で出現するヴィレッタの乗機がヒュッケバイン008Lに変化。そのまま入手できる。
シシオウブレード
第26話「その男の真意」クリアまでに熟練度23以上、キョウスケの撃墜数を70以上にすると、クリア後に入手できる。撃墜数条件がリュウセイ編より厳しいので注意。
R-GUN
第30話「裏切りの銃口」において、R-GUNを撃墜する（HP17500以下で撤退なので、ツインユニットの魂攻撃等を温存しておく）。
条件を満たしていればクリア後も失われず、そのまま継続使用できる。
グラビトン・ランチャー
第31話「仮面の下にある顔は」クリアまでに熟練度29以上、リュウセイの撃墜数を55以上にすると、クリア後に入手できる。
こちらではリュウセイの加入が遅いので、加入後は意識して彼の撃墜数を稼ぐ必要あり。
勇者の印
キョウスケ第34話「亡霊、過去より来たりて」クリアまでに熟練度27以上、レフィーナのLvを35以上にすると、クリア後に入手できる。
鋼の魂
キョウスケ第37話「遠き故郷」クリアまでに熟練度30以上、ダイテツのLvを38以上にすると、クリア後に入手できる。
隠し要素/OG2
- 全体的に強烈な隠し要素が多い。特に、スタンショック所持のビルトビルガー・タイプL、及び各種強力換装武器の入手如何は戦闘バランスをも左右する。
- 第22話「星から来るもの」ではGBA版に引き続き「ヤリコミ派ボーナス」が存在。攻略パターンは基本的に同じ。
- GBA版OG2から追加された要素として、レイヴン系ユニットの入手が可能。
隠し要素（ユニット）
ヒュッケバインMk-III・タイプR
(1)第24話「テスラ研脱出」第25話「流星、夜を切り裂いて」の2つのステージで、レーツェルが合計15機以上撃墜数を稼ぐ。
(2)第37話「武神装攻ダイゼンガー」において熟練度を獲得する。
(3)第40話「会者定離の理」クリアまでに、ブリット、クスハ、リョウト、リオ、タスク、レオナの合計レベルが185以上
以上の条件を満たすと、ヒュッケバインMk-III・タイプTがRに機種変更され、ガンナーとの合体orボクサーパーツの換装が可能となる。地上ルートの場合、第42話「熱砂を越えて」から、宇宙ルートの場合は第44話「ルナティック・ドリーム」クリア後から使用可能。
ゲシュペンストMk-II・タイプS
第40話「会者定離の理」クリアまでに、カイの撃墜数が55以上、かつLvを33以上にする。
宇宙ルートの場合、第42話「激震の宇宙へ」から、地上ルートの場合は第44話「眠れ、地の底に」クリア後から使用可能。
ヴァイサーガorアシュセイヴァー
(1)地上第17話「桜花幻影」または宇宙第20話「新生、聖十字軍」において、エキドナを撃墜（撤退）させ、そのエキドナがいた位置にラミア機を移動させる。見た目には何も起こらないので注意。彼女が撤退したらすぐに移動させるか、忘れないようにそのマスにマーカーを付けておくと良い。
(2)第26話「現れた『影』」において、ラミアとアクセルが戦闘する。1回だけ戦闘すれば「ヴァイサーガ」の、2回だけ戦闘すれば「アシュセイヴァー」のフラグとなる。3回以上の場合はいずれも不可。
(3)第31話「招かれざる異邦人（前編）」クリアまでにラミアの撃墜数が53機以上。
以上の条件を満たしていれば、第35話「楽園からの追放者」において味方増援として登場するラミアの乗機が変化、そのまま入手できる。なお、強化型のアンジュルグも通常通り入手できるが、ヴァイサーガにはラミアしか搭乗できないため、ヴァイサーガを入手した場合はどちらかが余ることになる。
ラーズアングリフ・レイブン＆ランドグリーズ・レイブン
(1)第8話「聖十字軍の残身」において、ブリットとユウキが戦闘を行い、ユウキとカーラをHP減少により撤退させる。
(2)第9話「ブーステッド・チルドレン」において、ブリットとユウキが戦闘を行う。
(3)第13話「約束は炎に消えて」において、ブリットとユウキが戦闘を行い、ユウキかカーラのどちらかを撃墜する。両機ともHP10000強で撤退だが、カイのツイン精神「魂」＋必殺攻撃なら問題なく撃墜できる。後述の換装武器フラグでもあるカーラの撃墜を推奨。
(4)-1：ヨーロッパ第27話「超音速の妖精」で、ユウキかカーラのいずれかを撃墜する。
(4)-2：極東第28話「龍虎覚醒」で熟練度獲得、かつアーチボルド撤退までプレイヤーが初期配置のノイエDC軍を撃墜しない。
(4)はどちらかを満たせばOK。以上の条件を満たしていれば、第39話「オペレーション・プランタジネット（後編）」における初期配置のユウキとカーラの乗機が変化。クリア後にそのまま加入する。
注意点として、OG2図鑑をコンプリートする場合はこの隠し要素を満たせば問題ないが、OG2.5図鑑をコンプリートするためには、レイヴン系ユニットを入手したデータを引き継いだ場合とデータを引き継がない場合の双方でプレイする必要がある。
ビルトビルガー・タイプL
(1)第26話「現れた『影』」において、アラドをビルトファルケンに隣接させる前にアラドが初期配置の量産型ゲシュペンストMk-IIを4機以上撃墜する。
(2)第33話「壊れた人形」クリアまでに、アラドの撃墜数を50機以上にする。
(3)第34話「紅の幻想」において、マイが初期配置の敵を5機撃墜してイベントを発生させる。5EP、または乗機のHPが40%以下になった場合もイベントが発生してしまうが、その場合は不可なので注意。
以上の条件を満たすと、クリア後に入手。なお、ビルトビルガーは特に失われない。敵機を1ターン行動不能にするスタンショックを所持しているため、これ以降大半のボスを木偶の棒と化すことが可能な超重要機（ブロック系を所持していても「直撃」を使用すれば効く）。
隠し要素（換装武器・強化パーツ）
シシオウブレード
第21話「亡国の姫君」クリアまでにブリットの撃墜数を45機以上、かつLvを18以上にする。この際、第16話クリア後のルート分岐で宇宙へ行くとブリットの撃墜数が稼ぎにくくなるため注意。
条件を満たすと、第24話「テスラ研脱出」クリア後に入手できる。
ステルス・ブーメラン
以下のいずれかのステージで一度でもカーラを撃墜すると、第39話「オペレーション・プランタジネット（後編）」での加入時にカーラの乗機に装備されている。
- 第8話「聖十字軍の残身」
- 第9話「ブーステッド・チルドレン」
- 第11話「守るべきもの」
- 第13話「約束は炎に消えて」
- 地上第19話「ワイズ・ドール」
- ヨーロッパ第27話「超音速の妖精」
ツイン精神「魂」が使用可能なので、GBA版に比べると撃墜は容易。とはいうものの、ターン数で撤退等の条件を考慮すると、現実的には第13話（HP10350以下で撤退）か第27話（HP22400以下で撤退）かに限られる。
グラビトン・ランチャー
第11話「守るべきもの」において、ヴィレッタがユウキ、カーラ、アラド、ゼオラを除く全ての敵を撃破すると、第22話「星から来るもの」での自軍加入時に機体に装備されており、そのまま入手できる。
使い勝手の面ではもちろんだが、後述の「超やり込み派」ボーナス入手を容易にするためには是非入手しておきたい。
ブーストハンマー
第23話「第三の凶鳥」において、4EPまでにアラドで初期配置全てのガンセクトを撃墜すると、クリア後に入手できる。
G・インパクトステーク＆ネオ・チャクラムシューター
第37話「武神装攻ダイゼンガー」で、ゼンガーがダイゼンガーに搭乗した後敵を1機も撃墜させずにクリアする。
条件を満たしていれば、第41話「時のストレイシープ」クリア後に入手できる。
勇者の印、鋼の魂
EXハードモードクリア以降の周回であれば、第40話「会者定離の理」クリア後に必ず入手できる。
超やり込み派ボーナス
第22話「星から来るもの」において、敢えてインスペクター幹部の3人に戦いを挑み、アギーハ・シカログを先に撃破、最後にメキボスの順で撃破する。
すると彼ら自身から得られる強化パーツ・換装武器の他、ボーナスとして「シシオウブレード」「G・インパクトステーク」「高性能電子頭脳」「勇者の印」「鋼の魂」を入手できる。
基本的にはGBA版の「やり込み派ボーナス」と同じ。撃破のコツも概ね同じなので、隠し要素/OG2を参照。
隠し要素/OG2.5
- OG2.5はオマケのようなものなので、隠し要素はほとんどない。
- 第1話の浅草マップにおいて、旧バンプレ本社のあった位置に移動すると強化パーツをget。
ラーズアングリフ・レイブン、ランドグリーズ・レイブン
OG2で入手したデータを引き継いだ場合、ユウキとカーラの乗機がそれぞれレイブン系になる。なお、この場合通常版は登場せず、OG2.5図鑑にも登録されないので注意。
グラビトン・ランチャー、シシオウブレード、ゲシュペンストMk-II・タイプS
OG2で入手したデータを引き継いだ場合に入手。ゲシュペンストMk-II・タイプSについてはカイの乗機が変化する。（シシオウブレードはブリットのLv・撃墜数による入手のみ該当）
勇者の印
第1話「甦る炎」において、コウタがコンパチブルカイザーに乗り換え後、北から24マス、西から14マスの位置に移動。その場で入手する。
なお、この位置（台東区駒形）は2004年7月～2007年6月までバンプレスト本社があった場所である（OGsの発売とほぼ同時期に本社は北品川に移転した）。
ミロンガ
第9話「崩壊する理想」において、熟練度を獲得した上でリューネでカイルを撃墜すると、クリア後に入手できる。
機体性能はほどほどだが、エンドブレイカーがEN・弾数を消費しないため、第11話「押し寄せる悪意」における無限稼ぎには重宝する。